厦门市气象局的前身为厦门市气象台，1952年8月创建于鼓浪屿。1989年1月成立厦门市气象局，隶属福建省气象局管理。1990年10月3日厦门市气象局实行计划单列，计划财务方面工作隶属国家气象局管理；2000年11月11日起，厦门市气象局隶属中国气象局（国家气象局）管理，实行中国气象局与厦门市政府双重领导、以中国气象局领导为主的管理体制，机构规格为副厅级。

厦门市气象局为事业法人单位，并建立机关党委和工会组织，依据《中华人民共和国气象法》行使气象行业管理、气象业务服务、现代化建设的规划和管理等职能，领导协调全市气象台站及相关单位按上级业务部门的规定，做好气象监测预报预警以及雷电灾害防御等工作，担负着为全市经济建设和人民群众生产生活的气象服务保障和防灾减灾的重任。

厦门市气象局机关设5个内设机构：办公室、业务科技处、计划财务处、人事处、政策法规处等5个处室；下辖4个直属单位：厦门市气象台（厦门市海洋气象台、海峡气象开放实验室）、厦门市气象服务中心（厦门市气候变化监测评估中心、厦门市气候应用中心、厦门市气象宣传与科普中心、厦门市预警信息发布中心）、厦门市气象灾害防御技术中心（厦门市避雷监测技术中心）和厦门市气象局机关服务中心等4个直属事业单位。

2014年，经中国气象局同意始建海峡气象开放实验室，挂靠厦门市气象台管理。厦门市气象服务中心与厦门市气候变化监测评估中心、厦门市气候应用中心、厦门市气象宣传与科普中心、厦门市预警信息发布中心实行“多块牌子，一个班子”运行，其中，厦门市气候变化监测评估中心是2008年4月由厦门市政府批复成立的地方机构。厦门市气象局机关服务中心设有1个二级机构：厦门市气象局财务核算中心。

全市设有同安区、翔安区、海沧区、集美区等4个区级气象局。

截止2019年12月，厦门市全市气象部门现有编制109人，其中机关参公人员编制37人，事业编制68人，地方编制4人。至2019年12月，有各类编制在职职工167人，离退休89人。在编人员105人（含地方编制4人），其中博士7人，硕士50人，学士32人；高级职称37人，中级职称40人。

多年来，在中国气象局、福建省气象局和厦门市委市政府正确领导下，厦门市气象局认真贯彻执行党的路线方针政策，紧紧围绕上级气象部门和厦门市委市政府中心工作，以提升干部职工整体素质为根本，以构建优质软环境为目标，较好地发挥全国文明单位“走前头、当表率、创一流”的作用，为全力推进率先实现气象现代化、扎实做好气象防灾减灾工作、服务厦门市科学发展新跨越和创建全国文明城市做出了积极贡献。

1952年8月23日，华东军区气象处所属福建军区情报处气象科派出陆军气象人员在厦门鼓浪屿设立厦门气象站，同年9月8日气象站建成正式开展工作，林永章任站长。1954年1月1日，气象站由军队建制转为地方建制，改为厦门气象台，录属福建省气象局领导，林永章任台长。因承担海洋水文气象工作，1958年9月15日厦门气象台更名为福建省农业厅气象局海洋水文气象台。1966年3月10日因海洋水文气象工作移交国家海洋局厦门中心海洋站，台站名称更改为福建省厦门市气象服务台。1968年气象系统体制下放到当地政府部门，气象服务台归厦门市革委会领导，省气象局只负责业务方面管理。1971年管理体制改为军队与地方双重领导，以军队领导为主，厦门市军管会派台长、教导员等干部到厦门市气象服务台实行军管，王顺宽任台长。1972年7月厦门市气象服务台更名为福建省厦门市气象台。1974年11月军代表撤离，气象台转为厦门市革委会农业局领导。1975年金文其任台长。1979年转为厦门市革委会农办领导。1979年12月5日，气象台迁址至厦门岛东渡狐尾山。1980年厦门市气象部门回归省气象局领导。1981年6月林永章任台长；1983年6月李尚志任台长；1985年3月郑成均任台长。1989年1月，经福建省气象局批准，成立厦门市气象局，与厦门市气象台实行局台合一、一个机构两块牌子的运作方式，郑成均任局长。1990年7月陈如能任局长。1990年10月3日，国家气象局与厦门市人民政府商议协定，对厦门市气象局实行计划单列。在计划（含财务）工作方面，国家气象局赋予厦门市气象局相当省级气象局的管理权限；在管理体制方面，厦门市气象局既是福建省气象局的一个下属单位，又是厦门市人民政府的一个工作部门，现行干部管理体制不变。单列后，气象局机构设置为办公室、人事政工处、计划财务装备处、市气象台（兼业务管理），下辖同安区气象局。1992年起由王世德副局长主持全局工作。1994年12月，经中共厦门市委和省气象局党组批准，设立中共厦门市气象局党组。1995年2月6日，杨维生任市局党组书记，王世德任局长。1996年10月18日，杨维生任市局党组书记、局长。2000年11月11日起，厦门市气象局局级干部由中国气象局党组管理。2000年11月14日，陈仲任市局局长、党组书记。2001年11月12日，中国气象局批准《厦门市国家气象系统机构改革方案》，厦门市气象局实行中国气象局与厦门市人民政府双重领导，以中国气象局领导为主的管理体制，机构规格为副厅级。2006年1月26日市局主要领导调整，范新强任市局党组书记、局长。

厦门市气象局机关设5个内设机构：办公室、业务科技处、计划财务处、人事处、政策法规处。其承担主要职责如下：

1.办公室。承担市局党组重大决策咨询任务；检查督促地方党委、政府、人大、政协交办工作的贯彻执行和处理落实情况；承担督查督办、宣传管理、电子政务、综合考评、机关效能管理、机关财务审签、文秘、机要、保密、外事、信息、科普、信访、档案、文印和收发工作；组织起草综合性工作计划、总结、制度；组织协调机关工作和会议安排；组织协调市局应急管理工作和应急值守任务。

2.业务科技处。负责全市气象业务发展现代化建设的规划、组织、管理和指导；负责全市气象服务业务技术和业务能力建设的管理、指导；组织协调全市基本气象业务及公益气象服务工作并负责监督、检查和指导。

负责全市综合气象观测、气象信息网络和气象技术装备保障业务管理；组织规划全市综合气象观测、气象信息网络和气象技术装备保障业务的发展和布局；组织开展全市综合气象观测、气象信息网络和气象技术装备保障业务现代化建设及相关技术开发工作；负责全市气象台站探测环境保护技术管理工作；负责全市气象业务使用收音机频段申请管理的协调工作；负责全市气象观测行业管理的协调、指导。

组织拟订和实施全市天气预警报、气候预测业务发展规划；管理全市气象预测报、警报业务和气候业务；组织天气预报业务的联防。承担市人工影响天气领导小组办公室的日常工作，负责人工影响天气的管理、指导和协调工作；管理、组织和指导气候资源的开发利用与保护工作；管理并审查全市大气环境影响评价、气候可行性论证工作；组织开展气候变化监测评估相关工作。

组织拟定和实施气象灾害防御规划；组织开展气象灾害防御及其应急气象服务管理工作；组织突发公共事件及重大活动的气象保障工作；组织协调跨市、跨部门的灾害性天气联防工作，组织为本级人民政府防御气象灾害提供决策气象服务；负责本行政区域突发性事件的应急气象保障服务，重（特）大气象灾害的预警预报及重（特）大自然灾害应急救助的气象保障的组织管理和协调工作。

拟订和实施全市气象科技发展规划；负责气象科学研究与技术开发项目的立项、组织管理和科研成果及新技术、新业务的推广工作；归口管理局校合作及国内外科技交流合作有关工作。协同相关处室组织和实施相关业务知识的培训、业务交流和岗位竞赛。

3.计划财务处。组织编制本行政区域气象事业发展中、长期规划、年度计划并监督实施；负责全市双重计划财务体制的建立和完善；归口管理本市气象部门规划计划和项目，以及统筹集约、综合预算、财务决算、财务监督、国有资产、综合统计和国库集中支付等工作；负责部门银行账户管理，监督部门各类资金支出情况，检查、分析部门各类资金使用效益；牵头负责科技服务资产和资金配置等管理工作；指导全市气象部门各类资金管理和地方气象事业发展工作。具体承担本行政区域气象系统处级领导经济责任审计工作。

4.人事处。负责市局党组管理干部的考核、任免及后备干部队伍建设；负责全市气象系统机构编制、劳动工资、社会保障、录用调配、奖励、专业技术人员、聘用合同等各项人事管理工作；拟定人才培养规划、计划并组织实施；负责全市气象培训的组织管理；负责对干部人事工作的指导、检查、监督工作。负责全市气象系统离退休干部工作的宏观指导。承担精神文明建设方面的日常工作，指导、带动本系统机关党建工作；拟订全市气象部门精神文明建设总体规划、年度计划和各项创建活动实施方案并组织实施，对全市气象部门的精神文明建设和气象文化建设等工作进行组织、督察与指导；承担党总支日常工作，归口管理工会、共青团、妇女、统战、侨务工作；协助地方党委和人民政府做好气象部门的党建和精神文明建设以及思想政治工作等。监察审计室与党组纪检组合署办公。负责本行政区域气象系统的监察、审计工作；指导本气象系统的党风廉政建设工作；对市局党组成员及党组管理干部实行党章和有关规定范围内的监督；负责局党组管理干部违纪案件和本行政区域气象系统重大违纪案件的查处等工作。

5.政策法规处。组织草拟地方性气象法规、政府规章，开展政策研究和规范性文件管理；管理气象行政执法工作，承担气象行政复议、应诉工作，组织实施相关气象行政许可等；组织学习、宣传、普及法律法规；组织协调气象行业管理工作；负责气象标准化管理工作；负责气象科技服务市场活动的监督管理；承担雷电灾害防御的管理工作。负责市局安全生产领导小组的日常工作。