上海音乐学院民乐系在贺绿汀院长加强民族音乐办学思想的倡导下，于1956年正式建立。这是国内音乐学院中最早设立的民族音乐专业学科。当时设民族音乐理论、民族乐队指导、戏曲音乐及民族器乐演奏四大专业。著名民族音乐理论家沈知白教授担任首任系主任，著名琵琶演奏家、教育家卫仲乐教授任副系主任。

数年后，民族音乐理论等专业分别归并于音乐学系及作曲指挥系，遂改名为民族器乐系，现名民族音乐系。多年来，民族音乐系曾经汇聚了中国音乐界的诸多大家，如：沈知白、卫仲乐、陆修棠、孙裕德、王巽之、王乙、金祖礼、陈俊英，陆春龄、胡登跳等、也培养了许多当代中国音乐的名家大师，如：闵惠芬、项斯华、李民雄、夏飞云、王昌元、杨青、阎惠昌等。为传承、研究、发展中国音乐做出了巨大贡献。民族音乐系师资力量雄厚，是我国最早的中国器乐演奏艺术硕士学位授予点。几十年来，在器乐演奏，作曲、理论研究、教学等方面都取得了令人瞩目的重要成就，在中国音乐的各个领域、尤其是演奏专业获得了各类奖项。

民族音乐系具有优秀的学术传统和开放的办学理念，在师资队伍建设、课程设置、人才培养、教学管理等方面都逐渐形成了独特的优势和强势，多门专业都处于国内外先进水平。该系有众多的留学生，现已形成以本科生为主体、以研究生为重点的包括专升本、专科生、单科进修生等多种层次教育构架。民族音乐系目前拥有一个以霍永刚为团长、戴路青为常任指挥的上海音乐学院民族管弦乐团，及多种组合形式的室内乐团。