真菌科，有记载的真菌约12万种。真菌主要的门是由其生殖结构上的特征来分类的。过去的分类有四个门：
藻菌门，属
低等真菌；
子囊菌门、
担子菌门属高等真菌；
半知菌门是一类尚未发现有性生殖过程的高等真菌。
真菌共分成七个门：微孢子虫门、
壶菌门、芽枝霉门、新丽鞭毛菌门、
球囊菌门、子囊菌门及担子菌门。其中的子囊菌门及担子菌门归于双核亚界之中。
《
西藏大型经济真菌》一书从食用、药用、有毒、
外生菌根菌及木腐菌等方面加以系统整理，汇集了各类大型经济真菌46科, 173属, 588种。其中大部分为广泛分布的种, 少数种属于
西藏自治区特有；有中国新纪录13种, 西藏地区的首次纪录115种。记述食用菌415种, 可人工栽培或可菌丝体深层发酵的有46种。记载毒菌135种,
药用真菌238种, 其中有抗癌作用或试验验抑制肿瘤的167种, 树木的外生菌根菌193种, 木瘤菌121种。
真菌在地球上存在了多长时间至今还不清楚，对真菌的起源也没有确切的结论。真菌的有些特点和植物相似，然而在某些方面又和动物有相似之处。近年来根据营养方式的比较研究，真菌不是植物也不是动物，而是一个独立的生物类群——真菌界。
①生活方式上：水生真菌是原始型，演化的过程是由水生到陆生，并且推测在演化过程中还可能返回水生的习性。从而认为具有鞭毛的游动孢子较原始，而不游动的静止孢子是相对进化的。
②营养方式上：腐生方式是原始的生活类型，
寄生生活方式比腐生生活方式高级。专性寄生生活方式比兼性寄生生活方式高级，最高级的生活方式是特异性的专性寄生方式。
新技术的广泛应用，对修订真菌的起源和演化提供了科学依据。目前认为真菌演化的主轴路线：鞭毛生物—
壶菌门—
接合菌门—
子囊菌门—
担子菌门。
4、在Wittaker(1969）建立的五界分类系统（
原核生物界、原生生物界、植物界、真菌界和动物界）中，把真菌单独作为一界处理。这是一个比较完整的纵横统一的系统，在纵的方面显示了生物进化的三大阶段，即无
细胞生物→
原核生物单胞生物→
真核生物（单胞→多胞）生物。在横的方面显示了生物演化的三大方向，即光合作用的植物，吸收营养的真菌和摄食的动物。
1、胡先驌(1965）把生物分为二个总界分类系统（始生总界和胞生总界），其中，始生总界包括病毒，胞生总界包括（细菌界、粘菌界、
植物界、真菌界和
动物界）。
2、
陈世骧等（1979）建议的五界分类系统，根据生命进化历史的主要阶段，即无细胞阶段→原核阶段→真核阶段而分的。无
细胞阶段包括病毒；
原核生物阶段包括细菌和
蓝藻，形成一个菌藻生态系统；
真核生物阶段是由植物、真菌和动物形成的生态系统。三个阶段成为三个总界，总界下设六个界：即病毒界、细菌界、蓝藻界、植物界、真菌界、动物界。