光绪三十一年（1905年）6月，全国军队统一编号，改称陆军第六镇。 11协协统李纯，12协协统吴鸿昌，参谋官张联棻。 1911年11月7日，吴禄贞被马礼堂暗杀。

光绪三十一年（1905年）正月组成。光绪三十年（1904年）日俄战起，十二月袁世凯奏请以定武军主力和张之洞的南洋自强军主力，加上从第三镇抽调步队各标第二营（共四营）等合编组成。次年正月成镇。初为北洋政府第四镇。光绪三十一年（1905年）6月，全国军队统一编号，改称陆军第六镇。驻北京南苑。辖第11协和第12协。历任统制有段祺瑞、王士珍、赵国贤、吴禄贞、李纯。徐树铮曾任段祺瑞的参谋。

武昌起义爆发时，其统制是吴禄贞。11协协统李纯，12协协统吴鸿昌，参谋官张联棻。1911年11月7日，吴禄贞被马礼堂暗杀。之后，李纯接任六镇统制，参加南下镇压辛亥革命军事行动。

民国之后改名为陆军第六师，李纯任师长，1913年率部进入江西省参加镇压二次革命，后任江西都督，再后江苏省都督。李纯为冯国璋的嫡系。

李纯都江西后，马继曾继任六师师长。护国战争时期六师进军湘西土家族苗族自治州，因遭贵州护国军强烈，马继曾兵败，于湖南省麻阳苗族自治县自杀，第11旅旅长周文炳升任。不久周亦兵败，患上精神病，乃由第12旅旅长齐燮元升任。