幼年随父母迁居四川彭县。他的父亲是商人，经营纸铺等买卖。1918年，他进入彭县中学学习，学业优异，深得师生推重。他为人正直，具有强烈的正义感，乐于助人。凡同学中有困难的，他必乐于相助。有一次他发现学校的伙食团中有人贪污，侵吞学生的伙食款，别人都不敢声张，他义不容辞地向学校揭发，使校方不得不对此事严肃处理，从而改善了伙食，获得学生的普遍赞誉。
1921年，何秉彝在彭县中学毕业，考入了成都工业专科学校。他参加了当时在成都颇有影响的进步团体“学行励进会”。他是骨干，组织学友进行读书活动，关怀国事。他当时是怀着“实业救国”的思想，希望能学到理工技术，为祖国服务。但严酷的现实，逐渐使他觉醒。当时的
四川省，已经没有
辛亥革命时期保路
风暴潮那样热烈的革命气氛，革命潮流已经消退，四川的上空笼罩着层层阴云。各派军阀在四川各地割据，连年混战，使地方糜烂不堪。教育界的腐败现象也层出不穷。何秉彝慨叹地说：“施教者善良固有，而难堪者则实多。”何秉彝阅读了《
新青年》等进步刊物，思想豁然开朗，视界为之开阔，决心走出闭塞的四川，到
新文化运动的中心，
上海市或北京学习。他反复向父母解释：“男之所以欲出外，为将来计，非为眼前荣、目前誉。男将来能否成为有用之人，皆此一举也。”“在此
四川省半生半死之学校中”难以“成为有用之人”，难以求得“为将来谋利益，增幸福的学问”。1923年5月，他终于辞别了满怀忧愁的双亲和满含热泪的爱妻与适甫1岁的幼子，千里迢迢沿
长江而下，和同学一起来到
东海之滨的上海。
1924年初，他经同乡
李一氓的介绍考入上海大同大学数理专科班学习。他和在沪的彭县学友成立“彭县旅沪同学会”目的是“联络感情，敦厚乡谊，砥励学识”。他在给父母的信中说：“组织旅沪同学会的最大目的是要对本县有所贡献，三皇五帝时代的人的脑筋要与它改换；教育上要将不对的地方改正过来，输送些新文化去。学生界及学校的办理，要指导他们。有志外来的人，要加以引导提携。”他鼓励彭县的亲友到
上海市求学。
杨达、
杨石琴、李少文等友人，就是在他的劝导下到上海求学并参加革命活动的。他看不惯学生中“假读书而徒拥虚名者”，以及“涉身繁华之境，不进学校，终日浪荡，任意挥霍者”，这些人都是“不明真理，忘其为人所致”。他看到许多学生毕业后即失业的现象，他对“实业救国”的构想已经动摇了。
1924年10月10日，全市各界群众在北河南路天后宫举行国庆纪念会，
中国国民党右派纠合工贼流氓大打出手，将上台演讲反对
帝国主义与军阀的黄仁（上海大学社会学系学生，中共党员，四川富顺人）从高台上推下以致重伤。何秉彝当场也遭毒打，眼镜被弄坏，钢笔被抢走。
上海大学学生多人受伤。何秉彝不顾自身安危和同学一起将黄仁送往医院急救，黄仁终因伤重不幸牺牲。这是一个国民党右派严重挑衅的事件。国民党上海执行部中的共产党员和上海大学等各校都提出严重抗议和斗争。何秉彝筹备了上海大学的追悼黄仁大会，并在大会上报告了黄仁牺牲的经过。他还在《
民国日报》上发表了《哭黄仁》诗：“我的爱友黄仁呀！你死了；作革命之先锋，为青年的模范而死了，我只有将泪珠儿尽洒，眼帘儿揉烂！不，尽我这残生，继你的素志，为革命而战！”表达了他将前仆后继，英勇奋斗，实现自己的信念，至死不渝。
1924年11月，
孙中山北上谈判，途经
上海市，何秉彝和
上海大学的同学以及全市学生到码头热烈欢迎孙中山。上海大学学生护送孙中山回寓所，沿途高呼：“打倒
帝国主义！中华民族解放
皇帝！”等口号，欢迎活动成为向帝国主义示威的斗争。巡捕房竟将上海大学的校旗夺走。何秉彝等奋不顾身，据理力争。最后，孙中山在莫利哀路寓所接见了他们。在孙中山的严厉抗议下，巡捕房不得不将校旗交回上海大学学生。此事极大地教育了革命青年。何秉彝在给父亲的信中兴奋地说：“此为中国人在上海租界里向外人示威运动之第一次。要知租界里是不轻易许人游行、高呼的。但不得游行者，亦游行了；不得高呼者，亦高呼了，而外人全不敢加以干涉，可见民气之盛。”
1925年3月12日，伟大的革命先行者
孙中山逝世，
上海大学学生和全市人民都分别召开了盛大的追悼会。何秉彝在上海大学的追悼会上沉痛地宣读悼词：“我们追悼孙中山先生，不但以泪，更要以血；不但在目前，必须坚持永久！要振作精神，加倍努力，向一切反动势力进攻，使革命早日成功！”
1925年初，何秉彝担任
上海学生联合会的秘书，共青团上海地委组织主任，参加了中国共产党。他不分昼夜为革命事业奔忙。他的父母和妻子日夜思念他，再三来信，希望他回
四川省家里一次，也可看看已满三岁活泼可爱的儿子。但是，他考虑再三，回信说：“革命高潮已经来临，决不能丢下工作和学习回家探亲。暑假不能回家，一家人团聚在一起当然是很高兴的，但不如留在
上海市意义大。留在上海可以读更多的书做更多的事。等三年后，毕业了回家也不迟。若今后工作需要，迟几年回家也不要紧，一切应以工作为重。”表现了以革命为重的崇高的思想。这封信才寄出两个月，何秉彝就在上海南京路上牺牲。后来家人拿了这封信出来痛哭不已。
1925年冬，
重庆市市人民在何秉彝的灵柩运至重庆时成立了
治丧委员会，并举行了隆重的追悼仪式。1926年5月28日，何秉彝的灵柩回到了他的家乡。灵柩停放在成都高师致公堂，全市学生代表轮流守灵。5月29日和30日，成都国民外交后援会在成都皇城内的高师附中连续召开了两天追悼会，各阶层人士（主要是学生）都前去悼念了他。中华人民共和国成立后，
彭州市（今
成都市彭州市）人民为纪念他而建立了一座秉彝亭。1983年10月11日，中华人民共和国民政部向他的家属颁发了革命烈士证明书。