吕琦，894年生于幽州安次（现廊坊安次区），祖父
齐武公担任景城（今
沧州市一个镇）
主簿。父亲吕衮任过沧州节度判官，检校右庶子。后粱开平二年（908年）
刘守光记恨吕衮助侄子刘延守沧州城，就捉获吕衮一家，要诛族。吕琦只有十五岁，临刑前，吕衮的朋友赵玉欺骗监斩官说，吕琦是他同胞弟弟，救下了吕琦。吕琦腿不好，赵玉背着他走了几十里才逃了命。吕琦隐名改姓，流落他乡，在今
山西省乞讨并勤奋学习和游学。
吕琦长的俊美丰仪，有气度。
李存勖拜他为军事判官，开始步入仕途。吕琦性格刚直，天成初年担任殿中待
御史等要职，就惩办了奸恶尹训。
吕琦仁厚宽容。
后唐废帝因失守河中，被罢职居在京城清化坊，与吕琦同巷。吕琦经常去坐一坐攀谈一番。后来废帝当了皇帝，格外厚待吕琦，拜吕琦为
知制诰、给事中、
枢密院直学士、
端明殿学士。
吕琦远见卓识，废帝看出镇守河东的
石敬瑭有二心，就和吕琦、
李崧等人商讨怎么办，吕琦认为石敬要造反，必引
辽朝为助，不如趁现在契丹要求和好之机，采用汉朝和亲的方法把公主嫁给契丹，再每月给些金帛，使石敬瑭无外援可引。枢密直学士薛文遇讽吕琦是妇人之见：“社稷依明主，安危托妇人”。废帝也大怒起来，吕琦、李等人惶恐不安跪地谢罪，吕琦因腿疾拜了几下停止立身起来了。废帝说：吕琦是在拿主人的架子看我吧。吕琦一听是坏事了急忙说：我历来腿就有病，等我歇一会再跪拜谢罪吧。喘息定了又说：
皇帝以为臣等说的不对，判罪就可以了，让我跪拜又有什么益处？废帝气有些消了，说：“勿拜”。赐给酒一杯让退不，数天后降吕琦为
御史中丞，数月后又恢复为
端明殿学士。后来
石敬瑭果然引
辽朝为助，亡了
后唐。
后晋皇帝石敬瑭留用了吕琦，改任他为
秘书监，随后得到后晋皇帝石敬瑭重用。历迁任过礼、刑、户、
兵部侍郎，官达金紫光禄大夫。后晋皇帝正准备让他担任宰相，他却突发疾病，天福八年（943年）去世。君臣都很惋惜。
吕琦知恩必报。赵玉后来官至职方
员外郎，吕琦待他如父，赵玉生病了，他亲自尝药扶侍。赵玉去世，吕琦为其主办丧葬。并把赵玉儿子赵文度当儿子一样教习，后来赵文度考中进士。