1916年5月1日，在肇庆市成立了两广护国军都司令部，岑春煊任都司令，梁启超、李根源为正副都参谋。都司令部设参谋部、秘书厅、外交局、财政厅、盐务局、饷械局、参议厅等机关。根据《都司令部组织令》，两广护国军都司令统辖广东省、广西壮族自治区军队，管理一切军务并兼筹政务及财政。同年5月8日，由参加护国起义的各省、各军共同组成的军务院在肇庆的两广护国军都司令部的基础上成立。

都参谋：梁启超

副都参谋：李根源

驻沪军事代表：钮永建

出师计划主任：蒋百里、林摄

编制兼谍查主任：赵正平

参谋部附：王肇基、陈元泳、苏焕图

上校参谋：陈章、詹宗瀚、张佩绅、周扬亚

中校参谋：张鉴泰、周汝康、曾广纶、骆凤翔、张沛泽、郭自钦

少校参谋：郑柱、刘永祚、杨源华、莫鲁、赵濂、林贤绍、李光灿、华封治、黄云、郭伯森、孙铭、

上尉参谋：缪嘉琦、李希贤、苏雄、黄在玑、钱镇南、张怀三、刘崎、梁国基、袁槿、李元、许金源

调查委员：杨越、明德恒、李颂锵、孙

文委员：张佩绅（文牍委员长，兼）、游金铭、张益炳、张问瀛、刘寿朋、郭之瀚

主任：刘寿朋

编员：陈国、游金铭、郭之瀚、罗

秘书长：章士钊（卢铸代）

秘书：文群、吴贯因、黄大暹、容伯挺、范治焕、吕鸿元、章其达、龚政、何惺常、梁培、陈祺谦、易象、卢天游、赵世钰、丁润身、顾景、赵正平、周承春

委员：王彭年、周赓尧、岑德成、岑德、秦善泽

收发处主任：蒋逢周

管电处主任：张沛泽

电报处委员兼领班：温漳祺

厅长：冷遹

参议：吕志伊、彭允彝、蒙经、张荣廷、王有兰、朱祖荫、杨晋、缪嘉寿、黄郛、夏寿华、周汝敦、陈时、周平珍、李国治、冯翼、温良彝、周枢、张于浔、解永嘉、岑咏

局长：温宗尧（文群兼代）

委员：蔡增基、劳勉、周瘦鹃、毕厚、吴树苑、徐嘉钰

厅长：杨永泰

委员：陈永干、余（钅芮）、宋葆畴、郭成沛、沈雄心、杨发锐、张问德、李柏存、何汉、殷之辂、周知礼、刘德泽

第一科科长：岑铭恕

第二科科长：陈国璜

第三科科长：游金铭

第四科科长：丁兆元

局长：曾彦

科长：冯登蟾、周启基

科员：曾植镜、梁汉声、陆汝杰、崔履升、朱元昌、舒航

粮委员：梁培新、吴肇甫

副官长：杨其礼

中校副官：陈建、甘尚贤

少校副官：刘觉任、吕沧隐、杨士斌、苏瑞儒、胡振国、饶祖鑫、刘麟、岑家禄、明士仲、罗烈、马英武、廖璋、杨锡荣、蒋蠡

上尉副官：黄钟藻、蒙惠、卢化、程凯、郭伯森、周维美、何元烈、吕志浩、徐成、董于霖、盛藻华、李作砺、江炳荣、黄明、赖秉钧

庶务副官：岑澍时、何俊材、林汉生