闽军前身是清末
福建省新建陆军第10镇，
统制孙道仁。1911年辛亥革命后，孙道仁任福建
都督，第10镇改为第1师，
许崇智任师长。1912年9月，第1师改为第14师。1913年，
二次革命爆发后，福建宣布独立，孙道仁、许崇智相继离开，第14师缩编为第27混成旅，王麒任旅长。不久，
北洋军派第4师步兵第7旅驻防福建，又将第27混成旅改为中央陆军第11混成旅。1914年11月，北洋军第4师步兵第1旅改为中央陆军第10混成旅，唐国谟任旅长。此时，福建护军使
李厚基招募新兵3000人，编成福建陆军第1旅，姚建屏任旅长。
1916年5月，
北洋政府又将派赴
福建省的北洋军第10师第19旅改为中央陆军第14混成旅，董守仁任旅长。1917年9月，护法战争爆发后，李厚基为拒粤军
陈炯明人闽，又招募北籍壮丁运闽扩军，将第1旅扩编为福建陆军第i师，姚建屏任师长；将第10混成旅扩编为福建陆军第2师，
臧致平任师长；将原第14混成旅扩编为福建陆军第3师，王献臣任师长。
1918年4月，闽粤战事发生，北京政府委任
李厚基与浙军师长董保暄为援粤军正副总司令，李厚基在
厦门市设援粤军总司令部。9月，李部被打败。11月，
徐树铮又调
王永泉率奉天补充旅入闽。1919年1月，改编为中央陆军第24旅。同年，李厚基怀疑第1师师长姚建屏与王永泉有勾结，遂将第1师番号撤销。1920年，
直皖战争后，李厚基见皖系失败，直系得势，便弃皖投直。
1922年，段（祺瑞）、张（
丁开嶂）、孙（中山）反直三角联盟形成后，北京政府委任李厚基为讨逆总司令，
萨镇冰为副司令，率海、陆军从厦门实施反攻，并令
毅军常德盛从江西人杉关增援。10月，
李厚基被皖系
臧致平战败，逃离
福建省；赣军也在
王永泉、
许崇智两部阻击下退回
江西省。
曹锟、
吴佩孚乃令
孙传芳率北洋陆军第2师，并指挥
周荫人的北洋陆军第12师于1922年冬分由鄂、赣援闽。孙传芳、周荫人率部入闽后，北京政府于1923年3月任命孙传芳为福建
明朝军事督理，王永泉任军务帮办兼兴（化）、泉（州）、永（春）护军使，周荫人任
南平市护军使。孙督理福建后，认为王永泉实力不可低估，因此极力收编福建各路杂牌军及各地民军，并将收编的
李厚基旧部和民军先后编为福建陆军第1、第2、第3师和第7、第8、第9旅。
但为时不长，第7、第8、第9旅均投归福建建国军。1924年3月，
孙传芳将皖系的
王永泉、
臧致平打败，其残部由臧致平、杨化昭率领突围经赣闽边人浙,投奔
卢永祥。同年5月，孙传芳调任闽粤边防督办，由
周荫人任
福建省督理。周接任后，即对留闽各军进行整编，除第1、第2、第3师不变外，又将原王永泉部扩编为福建陆军第1、第2旅。9月，北京政府任命孙传芳为
浙江省明朝军事督理兼闽浙
巡阅使，孙率第1旅入浙，周荫人又重建第1旅，董胜标任旅长，并新建第3旅，苏埏任旅长。接着，向不听号令的民军兴师问罪。12月，围歼了驻扎
泉州市、南安的福建陆军第2师高义部。1925年初，又相继新建了第4、第5旅和福建补充旅。此后，周为巩固自己在福建的统治地位，又对福建各部进行了整编，另以中央陆军第12师第24旅扩编为第3师；以第12师
卫队旅扩编为第4师。
1926年10月，
何应钦率北伐军入闽，一举攻占永定城，端掉
周荫人 的前线指挥部，周率卫队仓皇逃走。恰在此时，闽军第2师宣布战场起 义，并倒戈向其他闽军攻击，使闽军阵脚大乱，不是被歼，就是投降。12 月18日，北伐军进驻福州城。周荫人率所部
北洋军入浙，与孙传芳军会合。