重庆大学医学院（School of Medicine，Chongqing University）始建于1946年， 1952年全国院系大调整中，并入华西协和大学（现四川大学华西医学中心）。自上个世纪70年代以来，重庆大学以生物医学为切入点，发挥工科优势，开始生命与医学领域的学科建设，其中生物医学工程学科为国家一级重点学科，临床医学、动物界与植物学为ESI前1%学科。

据2021年2月学院官网显示，重庆大学医学院及附属医院共有正高职称专业技术人员131人，副高职称专业技术人员196人，其中博士生导师13人，硕士生导师96人；已拥有“基础医学”和“临床医学”两个一级学科硕士学位授权点，“神经智能研究中心”、“精准医学研究中心”、“创伤急救研究中心”等研究平台，以及医学公共实验中心和实验动物中心两大科研服务平台，并拥有“重庆大学附属肿瘤医院”、“重庆大学中心医院”和“重庆大学附属三峡医院”3家三级甲等附属医院，以及在建多家附属医院。

截至2019年，重庆大学医学高等研究院（医学院）有“基础医学”和“临床医学”两个一级学科硕士学位点、医学公共实验中心和动物实验中心两大科研服务平台，以及“神经智能研究所”“精准医学研究所”“创伤急救研究所”“医学人工智慧研究中心”和“眼视光研究中心”等医工交叉融合研究平台。并已逐步集聚了一支拥有外聘院士、外专千人、 “万人计划”青年拔尖人才、校内“百人计划”等高端人才的高水平学术队伍，在医学神经生物学、肿瘤学、急救与创伤医学、分子医学和再生医学等研究领域形成了一定的学科特色与优势。

重庆大学医学院从1945年开始筹备，1946年华西协合大学应邀派一批华西教授支援创建  ，并于1946秋开始招生，重庆大学（成立于1929年）由此成为拥有文、理、工、商、法、医6个学院的国立综合性大学。重庆大学医学院由“中国公共卫生之父”陈志潜先生创办，汇聚了陈志潜、谢锡臻、林志靖、黄克维等一批知名的医学专家。 

1952年-1956年，全国院系大调整，重庆大学医学院被调整到了其他高校，其中参与组建了著名的四川大学华西医学中心。重庆大学附属沙磁医院独立为重庆市肿瘤医院。但重大人对医学的“情结”，始终有一个挥之不去并为之奋斗的“医学梦”。

20 世纪 70 年代，重庆大学以生物医学为切入点，发挥工科优势，医工结合，开始恢复生命与医学领域的学科建设。

民国时期

重庆大学医学院从1945年开始筹备，并于1946秋开始招生，重庆大学（成立于1929年）由此成为拥有文、理、工、商、法、医6个学院的国立综合性大学。重庆大学医学院由“中国公共卫生之父”陈志潜先生一手创办，汇聚了陈志潜、谢锡臻、林志靖、黄克维等一批知名的医学专家。

新中国时期

1952年，全国高等学校院系调整，重庆大学医学院并入华西协和大学（现四川大学华西医学中心）。重庆大学附属沙磁医院独立为重庆市肿瘤医院。

1979年，重庆大学以生物医学为切入点，发挥工科优势，医工结合，开始恢复生命与医学领域的学科建设。

2003年，重庆大学成立医学建设筹备小组，拟恢复医学学科。

2012年，学校成立重庆大学—陆军军医大学生物医学工程联合学院。

2017年8月，重庆大学高等医学研究院/中心筹建系列学术研讨会在重庆大学举行。

2017年10月24日，重庆大学与沙坪坝区人民政府、重庆市肿瘤医院、重庆市急救中心（重庆市急救医疗中心）签署战略合作协议，共建重庆大学附属医院；其中，与沙坪坝区共建一所三甲教学型综合医院，并以此为基础共建重庆大学“直管”附属医院，与重庆市肿瘤医院、重庆市急救中心共建“非直管”附属医院、共建重庆大学医学高等研究院。市政府、市卫计委、重庆大学及共建医院的领导共同为重庆大学附属肿瘤医院、重庆大学附属中心医院揭牌。

2018年6月，重庆大学正式成立重庆大学医学高等研究院（重庆大学医学院），实行独立建制运行。医学高等研究院作为科研机构与医学院合署办公，打造高层次医学人才培养基地、高水平医学人才聚集高地和医学科技创新平台，带动重庆市整体医疗水平提升。

2018年10月，重庆大学与两江新区签订医疗战略合作协议，共同创办集医、教、研为一体的高端化、智能化、国际化三级甲等综合医院——重庆大学附属两江医院（重庆两江国际医院）。

2019年3月，重庆市肿瘤医院划转为重庆大学直属附属医院，正式命名重庆大学附属肿瘤医院。

2019年5月，经国务院学位委员会批准，重庆大学增列“基础医学”、“临床医学”一级学科硕士学位授权点。

2019年6月，重庆大学成立医学部。

2019年12月，重庆三峡中心医院划转为重庆大学直属附属医院——重庆大学附属三峡医院。

2021年6月18日，重庆涪陵中心医院划转为重庆大学直属附属医院，更名为“重庆大学附属涪陵医院”。 

重庆市肿瘤医院、重庆市肿瘤医院、重庆市肿瘤研究所、重庆市癌症中心是集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的国家三级甲等肿瘤专科医院，牵头重庆市肿瘤防治、技术研究，培训肿瘤专业人才。是国际抗癌联盟（UICC）成员单位，国家区域中医肿瘤诊疗中心建设单位，国家疑难病症诊治能力提升工程建设单位；是国家肿瘤药物临床试验机构、国家肿瘤质控中心专家单位、国家肿瘤临床医学研究中心核心单位、重庆市肿瘤临床医学研究中心、重庆市肿瘤医疗质量控制中心、重庆市肿瘤放射治疗质量控制中心、重庆市肿瘤防治办公室。2019年3月，重庆市肿瘤医院划转为重庆大学直属管理。未来重庆大学附属肿瘤医院将按照重庆市的战略定位，结合西部医学中心建设和重庆大学“世界一流大学和一流学科建设”建设规划，秉承“敬业、诚信、求实、创新”的院训精神和“向善向上、尚德尚学”的核心文化，积极构建“一网一链”肿瘤防治体系，不断倡导创新理念与革新技术，提高医疗服务品质，积极构建肿瘤防治共同体，努力建成医教研协调发展的研究型医院和国家癌症区域医疗中心，满足西部地区乃至全国各地肿瘤患者的需求。

重庆三峡中心医院位于重庆市万州区新城路165号，创建于1929年，医院占地面积400亩，建筑面积50.07万平方米，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的综合性三级甲等医院，是重庆市医保定点医院，是陆军军医大学、西南医科大学、川北医学院等9所医学院校的教学医院和实习基地，是川北医学院三峡临床学院，是川北医学院、西南医科大学硕士生培养点，是重庆医科大学医学超声工程研究所三峡临床研究基地，拥有“全国文明单位”、“全国五一劳动奖状”、“全国百佳医院”、“全国卫生系统先进集体”、“全国卫生系统先进基层党组织”、“全国百姓放心百佳示范医院”等荣誉150余项。2019年12月31日，重庆三峡中心医院划转为重庆大学直属附属医院。

2018年10月21日，两江新区与重庆大学正式签署医疗战略合作协议，宣布共建“重庆大学附属两江医院（重庆两江国际医院）”，双方将在两江新区建设高端化、智能化、国际化三级甲等综合医院，推动两江新区健康卫生事业高质量发展。

始建于1939年，前身为“重庆市急救医疗中心”。重庆市第四人民医院位于渝中区健康路1号，综合住院楼占地8万m2，是一所三级甲等综合医院，是重庆市医保定点医院，先后荣获卫生部颁发的“全国卫生应急先进集体“、“全国医院文化建设先进集体”、全国“五一劳动奖状”、“全国文明单位”等殊荣。 2017年11月重庆大学附属中心医院挂牌仪式在重庆市急救医疗中心学术报告厅举行，重庆大学与重庆市急救医疗中心开展“非直管”附属医院合作，挂牌“重庆大学附属中心医院”。

时值重庆市直辖24周年，2021年6月18日下午，重庆涪陵中心医院划转为重庆大学直属附属医院签约仪式在重庆大学举行，重庆涪陵中心医院成为重庆大学第三所直属附属医院，更名为“重庆大学附属涪陵医院”。 

重庆大学附属涪陵区医院（重庆涪陵中心医院）创办于1914年，前身是多伦多城基督教在涪陵的“英美会”创办的“仁济医院”。2002年获批国家三级甲等医院，是全国卫生系统先进集体、全国百姓放心百佳示范医院、全国综合医院中医药工作示范单位。医院曾是多所高水平医科大学的教学医院，有着丰富的临床教学经验，能够充分满足大学医学学科在临床技术应用、临床人才培养、临床带教工作、临床科学研究等方面的功能需求。 

据重庆大学医学院官网显示，目前在建重庆大学附属井双医院。