后水尾天皇（1596年6月29日－1680年9月11日），是
日本第108代天皇，1611年5月9日至1629年12月22日在位。他的名讳是政仁。后水尾天皇是
后阳成天皇的第三皇子，母亲是女御近卫前子。1611年，后阳成天皇让位给后水尾天皇。后水尾天皇与其父之间的关系并不和睦。
后阳成天皇让位的原因是
德川家康希望获得朝廷的权威和金钱援助。1619年，后水尾天皇因宠爱的
女官已生下一子一女而被传到
德川秀忠那里，引起秀忠的不满。1620年，由于朝廷需要金援，后水尾天皇不得不迎娶秀忠之女
德川和子入宫。
1627年，后水尾天皇发生
紫衣事件，朝廷为了财政，未与
幕府商量便允许禅门大德寺和
妙心寺的僧侣穿紫衣袈裟。然而，幕府制定僧侣之诸出世法度和京都大德寺及妙心寺的紫衣敕许无效，令后水尾天皇感到没面子。1629年，由于朝廷迫于对德川家的金援需要，后水尾天皇不得不让位给才只有七岁的女皇兴子内亲王，即
明正天皇。此举旨在昭显
江户幕府想效仿从前藤原氏干预朝政的野心，因为德川和子只有四名女儿活至成年。
退位后，后水尾天皇以太上法皇身份行
院政。他曾致力于和歌，编撰《类题和歌集》，并于1653年指示兴建修学院离宫，目前是
日本皇室占地最大的离宫。他还曾笃信佛教，拜中国福建渡来的
隐元为师父。
后水尾天皇于1680年9月11日去世，享年84岁，安葬于
月轮陵。他的
谥号后水尾天皇来源于
平安时代的
清和天皇，清和天皇别号水尾帝，后任是其子阳成天皇。后水尾天皇在位期间完全处于江户时代，是江户时代的第一位天皇。
后阳成天皇的让位是出于
德川家康的意思，由于
幕府初建，需要朝廷的权威做为后盾，而朝廷则需要幕府的金钱援助，只好屈从幕府威势下。1619年，后水尾天皇因为宠爱的
女官已生下一子一女的事被传到当时将军
德川秀忠那里，引起秀忠强烈不满。1620年，由于朝廷迫于对德川家金援的需要，
日本天皇不得不迎娶秀忠之女
德川和子入宫。
宽永四年(1627年)，发生
紫衣事件，朝廷为了财政，事先未同幕府商量，允许大德寺和
妙心寺僧侣数十人穿紫衣。但是幕府制定僧侣之诸出世法度、京都大德寺及妙心寺之紫衣敕许无效。让朝廷很没面子；宽永六年(1629年)，将军
德川家光竟然派他的乳母
春日局前往面见天皇，由于春日局无官无位却前往面见天皇（春日局的义兄是朝廷
公卿三条西实条，而且春日局的父亲是
明智光秀的部下
斋藤利三，前任丈夫是大名
稻叶正成），被天皇认为是奇耻大辱，觉得
幕府没有把他的权威放在眼里。于是在同一年，愤怒的天皇无预警让位给才只有七岁不到的皇女兴子内亲王，是为
明正天皇。这是为了断绝幕府想以自己的外孙继承皇位的野心。
后水尾这谥号，是来自
平安时代的
清和天皇，清和天皇别号水尾帝。当时他的即位，是藤原氏强迫出来的，而且他更是
日本史上第一位幼帝。亦以此讥讽德川氏为藤原氏。同时后水尾天皇退位后自号后水尾院，亦希望压倒自己的父亲
后阳成天皇。天皇指定谥号，以往镰仓时代的后嵯峨天皇，
室町时代的
后小松天皇也有先例。