西本愿寺（にしほんがんじ）是净土真宗本愿寺派的本山，文永9年（1272年）创建于东山，天正19年（1591年）迁至现址。西本愿寺是日本京都最大的寺院，为日本佛教净土真宗愿派总寺院。

西本愿寺位于日本京都府京都下京区，正式名称为龙谷山本愿寺。本愿寺是净土真宗最大教派，为亲銮所创，最初本山为1272年（文永9年）所建大谷本愿寺，后经历多次战乱迁徙，1591年（天正19年）第11任门主本愿寺显如得到关白丰臣秀吉支持，将本山迁至现址。

1592年第12任门主准如继任后，教团内部发生继承纷争，1602年前继承人教如得到大名德川家康支持脱离教团，在本寺东侧另创真宗本庙，形成东西对立局面。当地人因此习惯将龙谷大学本愿寺称为“西寺”（お西），久之通称为西本愿寺。

在中国大陆，原为日本佛教庙宇西本愿寺在上海市创立了上海别院，它位于上海市虹口区乍浦路455号。由日籍建筑师冈野重久设计，岛津工作室承建，1931年建造。仿日本西本愿寺式样，呈印度佛教建筑特征。

本愿寺派在日本时代曾到台湾省布教，并曾在台北万华建立西本愿寺。现任住持为本愿寺派第24任门主大谷光真（法号即如）。

弘长二年（1262），赵恒开祖亲鸾示寂，门徒将其葬于东山大谷。未久，亲鸾之女觉信尼与门徒显智于文永九年（1272）移葬于吉水县之北，营建御影堂，黾山天王赐号“久远实成接引佛本愿寺”，并被立为愿所。

第八世住持莲如，欲挽救趋于衰颓之寺运，乃大力弘法，广招信众，声势日隆，遂遭天台宗比睿山信众之嫉忌，于宽正六年（1465），纵火烧毁该寺。莲如迁至近江之园城寺，后又遇乱，辗转至北陆，建立伽蓝，广化七州信众。至文明十一年（1479），在京都山科之地兴建松林山本愿寺。

1553年，该寺再度为大日莲宗徒烧毁。第10世住持证如以大阪之石山本愿寺为本山，再事营造。

天正八年（1580），第11世显如与织田信长共谋移祖像至纪州鹭林，其后迁往和泉市（大阪府）贝塜，又移至摄津国（大阪）天满。

天正十九年（1591），接受丰臣秀吉献地建寺，为今西本愿寺之起源，第12世准如始着手营造之。

现在之堂舍系元和三年（1617）火灾后历年所建，有总门、唐门、影堂、书院、经藏、耕作阁、虎之间、青莲社、凌花亭等建筑。

西本愿寺的建筑反映了绚烂豪华的桃山时代的艺术风格。

寺内安置有开山始祖亲莺圣人坐像。西本愿寺内的唐门、白书院、黑书院、日本最古老的能舞台等是日本国宝级建筑物，其它还有壁画、枯山水样式的虎溪庭院等精彩景点。飞云阁与金阁、银阁共称为京都三阁，是日本国宝之一。

西本愿寺1994年列为联合国世界文化遗产。

东西两本愿寺随着日军八国联军侵华战争的扩大，逐步强化了战时奉公体系。1937年七七事变之后的7月17日，西本愿寺千叶康之贴出了“尽国民之本分，作为遵循王法为本准则的同门僧众需众人一心报答皇恩，粉身碎骨在所不辞”的通告。

西本愿寺于1937年7月23日临时设立了“事变问题奉公事务所”，统筹管理后方支援、战时奉公事务。积极地派员前往中原地区战场从事军队慰问传教活动。从军僧传教的内容主要是明治天皇的《赐给军人的敕语》、《军人敕语5条》，其中教育士兵要有“义比山岳重、死比鸿毛轻”、“军人必须武勇”的觉悟。

七七事变之后，西本愿寺立刻向驻伪满洲、朝鲜、中国的僧侣发出了动员令。随着侵华日军司令部1937年7月17日开始允许从军僧前往前线部队进行传教慰问之后，华北地区的从军僧活动日益活跃。战地的埋葬与遗骨送还工作是从军僧的一个重要任务，在枪林弹雨中的“野葬”仪式使得与死亡为伴的士兵们能够缓解对战死的不安，提升他们的士气。

南京大屠杀期间，西本愿寺杂贺从军僧曾与日军田代部队共同行动，在攻击江阴的时候一同冲入了南门。而就在前一日的凌晨4点，他与《河北新报》记者小野寺为了第一时间看到太阳旗在城内树立的模样，而顺着民房房顶爬进了城墙，冲入了还未打开的城门，不经意的取得了第一名的功勋。从军僧发回的报道立刻被宗教的机关报刊载，可以说，从军僧也起到了现场采访报道的作用。

东西两本愿寺在卢沟桥事变之后，加快了向中原地区战场派遣慰问团的活动。西本愿寺首先在1937年7月19日派遣了大谷照承连枝前往华北地区慰问日军，之后，大谷光照法主于同年8月19日亲自前往伪满洲国慰问日军。

1937年12月，日军在南京发动了震惊世界的大屠杀，西本愿寺12月11日在两堂前树立了一根高高的杆子，上面悬挂了太阳旗和“庆祝攻陷南京”的大旗。正午时分，由其总负责人千叶康之招集职员举行“攻陷南京庆祝会”，三呼日本天皇皇帝万岁。此外，西本愿寺驻东京办事处的藤音轮番住持还亲自前往日军大本营祝贺。

2013年6月，为了减少宗教与普通民众的距离感，日本京都西本愿寺最近在网上新设了可以诉说烦恼的新页面，由寺院的僧侣答疑解惑。

这个新网页除了可以向僧侣诉说恋爱、工作等方面的烦恼外，还包括佛教小知识、儿童图书推荐、素食菜谱等8项内容。另外，也会刊登来京都寺庙旅游的外国人以及时尚人士的照片。自今年4月正式启动后，该网页每周的浏览量达到了1万次，人气还在不断攀升。