明初，废临清市万户府，诸王练兵于教场，设临清卫。明弘治二年（1489），升临清市为临清州，领馆陶县、邱县，属东昌府区，治所在今临清市纸马巷一带，后迁往砖城。明清时期，临清州地处京杭大运河与隋唐大运河交汇处，北及北京，西抵洛阳市，南达杭州市，有“繁华压两京，富庶甲齐郡“之称，人口一度号称百万，人称天下第一码头，天下粮仓，是全国著名的商业大都会。

临清直隶州：冲繁难。明临清州属东昌府，乾隆四十一年(1776)升直隶州。

本辖：

武城县：冲繁。明属高唐州，雍正三年(1725)直属东昌府，乾隆四十一年(1776)改属直隶州。

夏津县：疲。明属高唐州，雍正三年(1725)直属东昌府，乾隆四十一年(1776)改属直隶州。

邱县：简。明属州，雍正三年(1725)直属东昌府，同年更名；乾隆四十一年(1776)改属直隶州。

临清市是明清时期中原地区重要的商业大都市，人口百万。

明朝万历年间的文学名著《梦梅馆校本金瓶梅词话》这样形容临清州，”这临清闸上是个热闹繁华大马头去处，商贾往来之所，车辆辐凑之地，有三十二条花柳巷，七十二座管弦楼。此去离城不远，临清马头上，有座晏公庙。那里鱼米之乡，舟船辐之地，钱粮极广，清幽潇洒。”

明朝小说《梼杌闲评》中的临清州，“却说临清地方，虽是个州治，到是个十三省的总路，名曰“大马头”。商贾辏集，货物骈填。更兼年丰物阜，三十六行经纪，争扮社火，装成故事。更兼诸般买卖都来赶市，真是人山人海，挨挤不开。”

明文渊阁大学士李东阳《过头矶》，“十里人家两岸分，层楼高栋入青云，官船贾舶纷纷过，击鼓鸣锣处处闻。折岸惊流此地回，涛声日夜响春雷。城中烟火千家集，江上帆万来。”

嘉靖二十年，临清州更筑新城，诗人皇甫汸为之作：《临清新城行》“君不见，清源都会天下无，昨来筑城西备胡，长河十里万艘集，乃知保障为良图。戈船隐隐横川流，蒸霞照曜双飞楼。华京鼎峙争雄长，气压百二当中原地区。言于齐泊河汜，左右帆樯阅崇雉。甲第纷纷乱入云，红波绿树歌钟起。我皇垂衣二十载，玉帛群方协文礼。边头晏和稍失备，晋代之间近多垒。金汤委输长顾，此城遂辉峙。更闻安石下东山，焉得有马饮江水。”

崇祯年《总监各路太监高起潜题本》中说:“总计临城周匝逾三十里，而一城之中，无论南北货财，即绅士商民，近百万口”。

当时，临清市在人们心中的地位，只能用今天的上海市来形容了。有诗为证，明末赵慎微形容松江府朱泾镇时（今天上海），这样形容朱泾镇：“万家烟火似首都，元室曾经置大盈。估客往来都满载，至今人号小临清。”

清代，临清城区由于连年战乱，并未扩大，经康雍乾三朝休养生息，到乾隆四十一年升直隶州，领夏津县，武城县，邱县，达到最盛，爱新觉罗·弘历称赞“临清傍运河，富庶甲齐郡”。

南北朝时期十六国后赵置。汉代称衡南县。因临清清河而得名，清河又称卫河。

后赵建平元年（330年）析清渊县置临西县，治所在今河北省临西县，因城临古清河得名，不久即废。

北魏太和二十一年（497）析清渊县西部复置临清市，属司州阳平郡。北齐废。

隋开皇六年（586年）复置。属清河郡。

唐武德四年（621年）属毛州，贞观初毛州废，改属恩州。

北宋熙宁二年（1069年）临清市县属大名府。

金徙临清县治于曹仁集（今临清市南八里旧县村），属大名府路恩州。

元临清府县分治，临清万户府为枢密院直辖，治所在今天津大直沽，临清县属中书省州。漕运总司设在河西务镇，分司临清。

明洪武二年（1369年）徙今治（今临清市青年路街道）。

弘治二年（1489年）升为临清州，领丘县、馆陶县2县，属东昌府区。

清代沿明制，临清州仍属东昌府。

乾隆四十一年（1776年）升为直隶州，辖邱、夏津县、武城县3县。

1913年废州为县，属济西道（1914年改称东临道）。

1925年属德临道。

1928年废道制，直属于省。

1937年1月属山东省第四行政督察区，并为该区专员公署驻地。

1948年5月，升为专区级市，属冀南行政区。

1949年3月复降为县级市，属冀南第一专区。

1949年8月改属河北省邯郸专区。

1949年11月，临清市改为临清镇。

1952年10月24日，临清市、临清镇自河北省划归山东省，属德州专区。

1952年12月19日改属聊城专区。

1954年7月9日临清镇撤销，复置临清市（省辖，由聊城专署督导）。

1958年12月，临清市撤销，划归临清市。

1963年3月撤市复县。

1983年8月撤销临清县，复置临清市（省辖县级市），由聊城地区代管。

1997年聊城地区撤销，临清市由地级聊城市代管至今。

从前，卫河里来了两个鱼精，专吃婴孩。一年夏天，临清市连降大雨，卫河决堤，鱼精趁机肆孽，游出来吞噬孩童。这时一个老头手持一座宝塔，撑船营救百姓，船走到哪，哪儿风平浪静。

老头告诉大家，须建一座大佛塔才可以镇住这鱼精，可百姓早已贫困不堪，哪有财力修建宝塔！老头说：“城南有一座20多丈高的宝塔，将它拉来，便可一用。

他走东串西说要到八月十五这天借牛拉塔，人们信口答应，并不当真。八月十五这天，人们未见老头来牵牛，可到了十六早晨，竟发现牛累得满身大汗，趴在地上直喘气，出门一瞧，见西北河滩上平立起一座足有20丈高的宝塔。果然城南50里处塔头村的古塔不见了。

人们发现塔身有些倾斜，塔身出现了裂缝，那拉塔的老头又收集废铜烂铁以修理佛塔。一天夜里，人们听见西北方向，‘叮叮当当”地响了一夜，第2天就见塔身四周锔上了4条一尺多宽的铁钩子、裂缝不见了，塔身也不再倾斜了。人们在塔前拾到一张纸条，上面写着“宝塔罩深井，深井锁二青”。人们才知道，卫河里那两个鱼精已被镇压在宝塔之下的深井中。