济宁市人民政府是中华人民共和国山东省济宁市的国家行政机关，是济宁市人民代表大会的执行机关；在济宁市人民代表大会闭会期间，对济宁市人民代表大会常务委员会负责并报告工作，依法行使行政职权。

济宁市人民政府工作人员分别由市长、副市长和秘书长、局长、委员会主任等组成，实行市长负责制，受中华人民共和国国务院领导，每届任期五年。

1983年下半年，济宁地区在中国共产党山东省委员会、省人民政府领导下，按照中共中央、国务院有关文件精神，进行地市一级机构改革。同年9月19日，山东省委、省人民政府发出通知，经国务院同意，撤销济宁市地区和济宁县，济宁市组建为省辖(地专级)市。新的济宁市以原济宁市、济宁县区域设置济宁市市中区和市郊区(均为县级)，下辖汶上县、兖州区、邹城市、曲阜市、微山县、金乡县、嘉祥县、鱼台7个县。

同年10月，中共山东省委批准了济宁市人民政府领导班子配备方案。同年10月18日，中共济宁市委公布提名担任市十届人民政府市长、副市长的人选。鉴于新建市工作需要，省人民政府按照有关规定，决定王渭田任济宁市人民政府代理市长。同年10月21日，市人民政府开始对外办公。原行署办公机构相应改为市人民政府办事机构。

1984年1月15日，济宁市第十届人民代表大会(顺延原济宁市人民代表大会届次)第一次会议选举产生了市十届人民政府。王渭田任市长，翟学恕、路步炎、马道生、唐伦伟任副市长。1986年2月，因工作需要，王渭田辞去市长职务，由副市长翟学恕主持市政府工作。同年4月27日，市十届人民代表大会第三次会议补选韩寓群继任市十届人民政府市长，补选张知平为副市长。

1987年8月30日，市十届人大常委会二十五次会议，同意山东省物资局副局长王世明挂职任市十届人民政府副市长。1988年1月11日，济宁市十一届人民代表大会一次会议选举产生了市十一届人民政府。韩寓群任市政府市长，翟学恕、张知平、马道生、唐伦伟、谢计达任副市长。

1989年9月，因工作需要，翟学恕辞去市政府副市长职务。同年9月24日，市十一届人大常委会十一次会议，补选杨茂山任市人民政府副市长。

1989年12月1日，市十一届人大常委会十二次会议，同意山东省人民代表大会常务委员会研究室副主任牛光明挂职任市人民政府副市长。

济宁市人民政府产生后，济宁市的区划先后作了调整。1985年5月，将汶上县、泗水县两县划归济宁市。1986年8月，撤销曲阜市，设立曲阜市(县级)，建曲阜市人民政府，由省人民政府委托济宁市人民政府代管。1989年12月，菏泽市的梁山县划归济宁市领导。1990年底，济宁市人民政府共辖2个区、1个市(县级)、9个县人民政府。

新组建的中共济宁市委、济宁市人民政府根据《中共中央、国务院关于地市党政机关机构改革若干问题的通知》，本着精简的原则，于1983年10月18日，向省委、省政府提交了关于组建省辖济宁市市级机关机构改革方案的请示报告。同年10月29日，省委办公厅批准了济宁市市级党政机关机构改革方案。市人民政府初设39个部门，列入政府机构序列。它们是：政府办公室、计划委员会、经济委员会、科学技术委员会、城乡建设环境委员会、体育运动委员会、计划生育委员会、民政局、公安局、司法局、人事局、劳动局、财政局、税务局、审计局、工商行政管理局、统计暨普查局、物价局、物资局、商业局、对外贸易局、机械电子工业局、第一轻工业局、第二轻工业局、交通局、标准计量局、市政建设管理局、房产管理局、农业局、林业局、水利局、水产局、粮食局、多种经营社队企业局、教育局、卫生局、文化局、广播电视局、外事办公室。不列入政府机构序列的部门15个。此后，市政府根据具体情况，对机构设置作了调整。1984年10月，将市环境保护办公室改为环境保护局，列入市政府机构序列。同年11月，将市人民政府侨务办公室列入市政府机构序列。1985年3月，根据《中共中央关于经济体制改革的决定》的精神，报省编制委员会同意，撤销市机械电子工业局、第一轻工业局和第二轻工业局，改建机械、电子、一轻、二轻工业公司。同年，根据省政府规定，将市对外贸易局划出市政府机构序列。同年5月，建立市国家安全局，列入市政府机构序列；7月，将市档案局列入市政府机构序列。1987年12月，建立市监察局，列入市政府机构序列。1988年2月，将市委农村工作委员会改名市农村经济委员会，列入市政府机构序列。至1990年底，市政府共设置序列内工作机构41个。另有不在序列的工作机构26个，它们是：市政府接待处、信访处、民族事务处、农业区划委员会办公室、对外工信局、经济技术协作办公室、对外贸易局、职工教育管理委员会办公室、经济体制改革委员会、法律顾问处、棉花办公室、文物管理处、人民防空委员会办公室、地方史志编委员会办公室、农机管理服务公司、市经济研究中心、济宁市日报社、省出版总社济宁分社以及8个市属经济组织，即：市供销合作社联合社、冶金煤炭工业公司、纺织工业公司、化学工业公司、第一轻工业公司、第二轻工业公司、电子工业公司、机械工业公司；11个由中央和地方双重领导，以中央业务主管部门领导为主的单位，即：市邮电局、电业局、气象局、地震办公室、济宁进出口商品检验局、中国人民银行济宁市分行、中国工商银行济宁市分行、中国农业银行济宁市分行、中国银行济宁市分行、中国人民保险集团股份有限公司济宁市分公司、中国人民建设银行济宁市分行。

市政府部门

济宁市人民政府办公室

济宁市发展和改革委员会

济宁市教育局

济宁市科学技术局

济宁市工业和信息化局

济宁市公安局

济宁市民政局

济宁市司法局

济宁市财政局

济宁市人力资源和社会保障局

济宁市自然资源和规划局

济宁市生态环境局

济宁市住房和城乡建设局

济宁市城市管理局

济宁市交通运输局

济宁市城乡水务局

济宁市农业农村局

济宁市商务局

济宁市文化和旅游局

济宁市卫生健康委员会

济宁市退役军人事务局

济宁市应急管理局

济宁市审计局

济宁市人民政府外事办公室

济宁市人民政府国有资产监督管理委员会

济宁市行政审批服务局

济宁市市场监督管理局

济宁市体育局

济宁市统计局

济宁市医疗保障局

济宁市人民防空办公室

济宁市地方金融监督管理局

济宁市信访局

济宁市能源局

济宁市投资促进局

市政府单位

济宁市机关事务服务中心

济宁市公共资源交易服务中心

济宁市住房公积金管理中心

济宁市地震监测中心

济宁市供销合作社联合社

济宁市政府投融资管理中心

济宁市知识产权事业发展中心

济宁市公路事业发展中心

济宁市港航事业发展中心

济宁市农业机械现代化发展促进中心

济宁市畜牧业发展中心

济宁市民航事业发展中心

驻济单位

济宁市气象局

中国人民银行济宁市中心支行

任城区人民政府

济宁市兖州区人民政府

曲阜市人民政府

泗水县人民政府

邹城市人民政府

微山县人民政府

鱼台县人民政府

金乡县人民政府

嘉祥县人民政府

汶上县人民政府

梁山县人民政府

济宁国家高新技术产业开发区管委会

济宁太白湖新区管委会

济宁经开区管委会

公元前221年，秦始皇统一中原地区后始行郡县制。境内除任城县、亢父县属薛郡外，其他则属鲁郡。西汉时，境内曾置有东平郡，领任、无盐、亢父、樊、东平陆、富城、章7县。东汉则从东平国析出任城国，领任、亢父、樊3县。三国、两晋、南北朝时期，境内政区变化不大，或为任城国，或为任城郡，领3县如故。隋统一后，改兖州为鲁郡，领瑕丘、任城区、邹、曲阜市、平阳、泗河、龚丘、梁文、博、赢10县。唐时无大变化，但五代十国周广顺二年(952年)置济州，并割郓城县的巨野县、郓城，兖州区的任城，单州的金乡县归其统辖。这期间，境内其他各县则多属州。宋政和八年(1118年)兖州一度升为袭庆府，境内的仙源、泗水县、瑕丘、邹城市都归其统辖。金天德二年(1150年)，济州市由巨野迁往任城，并领任城、嘉祥县、郓城、金乡4县。元至元八年(1271年)，济州升为济宁府，至元十六年(1279年)，又升为济宁路。自此以后，境内或为府、州，或为区、市，一直是历代地方二级政权机关驻地，其行政区划如下。元时，至元十六年(1279年)，境内置济宁路，治任城区，领辖3州7县，即：济州、单县、兖州区，任城、巨野县、郓城县、肥城市、金乡县、砀山县、丰县。明时，洪武元年(1368年)改济宁路为府，仍治任城，领辖3州12县。即：兖州、东平州、沂州，任城、金乡、巨野、郓城、嘉祥县、曹、单、定陶区、成武县、鱼台、滕、峄县。洪武十八年(1385年)改济宁府为州，只领3县。即：嘉祥、巨野、郓城。清时，雍正二年(1724年)济宁州升为直隶州，仍领3县，即嘉祥、巨野、郓城。乾隆四十一年(1776年)，济宁直隶州领3县。即：嘉祥、鱼台、汶上县。乾隆五十四年(1789年)，济宁直隶州领3县。即：嘉祥、鱼台、金乡县。中华民国时，1914年6月境内置济宁道，领辖25县。即：济宁市、滋阳、曲阜市、宁阳县、邹、滕、泗水县、汶上、、金乡、嘉祥县、鱼台、兰山区(后改名为临沂)、郯城县、费、蒙阳、营、沂水县、菏泽市、曹、单、成武县、定陶区、巨野县、郓城县。

1933年，境内置山东省第一行政督察专员公署，领辖11县。即：济宁、滋阳、汶上、宁阳、曲阜、邹、滕、东平县、嘉祥、金乡、鱼台县。

1935年7月，又改为济宁实验区长官公署，领辖14县。即：济宁、嘉祥、巨野、郓城、寿张镇、鄄城县、定陶、成武、曹、单、金乡县、鱼台、东平、汶上县。

1935年冬，再改为山东省第一区行政督察专员公署，领辖10县。即：济宁市、滋阳、东平、汶上、邹、滕、宁阳县、曲阜市、嘉祥县、鱼台县。

1946年9月，境内设山东省第二行政督察专员公署，领辖7县。即：济宁、嘉祥、郓城县、巨野县、寿张、东平、汶上县。

中华人民共和国建立后，1953年7月，滕县专署和湖西专署合并为济宁专署，专署驻地为济宁市。领辖济宁市、济宁县、兖州区、曲阜县、邹城市、凫山县、滕州市、峄县、薛城县、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县。

1956年2月，泰安市的泗水县划归济宁专区。同时，境内的区划也作了调整，撤销了鱼台县并入金乡县；撤销了山县、薛城县。这时的济宁专署领辖济宁市、济宁县、滋阳县、曲阜市、泗水县、邹县、滕县、峄县、微山县、金乡县、嘉祥县、汶上县。

1958年12月，经国务院批准撤销菏泽专署，原属各县划归济宁专署；撤销济宁县，分别划归济宁市和郓城县、巨野县、金乡县；撤销滋阳县，划归曲阜县。这时的济宁专署领辖济宁市、曲阜县、泗水县、邹城市、滕州市、峄县、微山县、金乡县、汶上县、菏泽市、曹县、单县、成武县、甄城县、巨野县、郓城县、梁山县。

1959年7月，菏泽专署恢复，济宁专署领辖济宁市、曲阜市、泗水县、邹县、滕县、峄县、微山县、金乡县、汶上县。

1960年1月，峄县撤销，划归新建的枣庄市。这时的济宁专署领辖济宁市、枣庄市、曲阜县、泗水县、邹县、滕县、微山县、金乡县、汶上县。

1961年9月，枣庄市从济宁专区析出。10月，恢复嘉祥县；撤销滋阳县，新设兖州。至此，济宁专署尚辖济宁市，兖州县、曲阜县、泗水县、邹城市、滕州市、微山县、金乡县、嘉祥县、汶上县。

1964年7月，恢复鱼台县；1965年4月，恢复济宁县；皆归属济宁专区。1967年，济宁市专区改称济宁地区。1978年11月，滕县划归枣庄市。这时的济宁地区尚有1市10县。即：济宁市，兖州县、曲阜市、泗水县、邹县、金乡县、嘉祥县、鱼台县、汶上县、微山县、济宁县。

1983年8月30日，经国务院批准，撤销济宁地区，济宁市升格为省辖地级市。原济宁地区的汶上县、泗水县划归泰安市。10月5日，经山东省人民政府批准，设立任城区，以原济宁市区域为辖区；设立济宁市郊区，以原济宁县区域为辖区。调整后，济宁市人民政府领辖2区7县，即市中区、市郊区，兖州、曲阜县、邹城市、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县。

1985年3月，汶上县、泗水县重新划归济宁市。1986年6月，曲阜市改建为曲阜市，由济宁市代管。1989年12月，原菏泽市的梁山县划归济宁市。

1992年兖州县、邹县分别撤县设市。

1993年12月市郊区改名为任城区。现济宁市辖二区三市七县，即市中区、任城区、曲阜市、兖州区、邹城市、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县、泗水县、梁山县。

2013年11月根据国务院《关于同意山东省调整济宁市部分行政区划的批复》和省政府《关于调整济宁市部分行政区划的通知》精神，济宁市部分行政区划实施调整：撤销市中区、任城区，设立新的任城区，以原市中区、任城区的行政区域为新设任城区的行政区域；撤销兖州市，设立济宁市兖州区，以原兖州市的行政区域为兖州区的行政区域。通过这次区划调整，济宁市区行政区域面积由884平方公里拓展到1534平方公里，人口由113.8万增加到177.5万。新任城区管辖面积624平方公里、人口86.7万，兖州区管辖面积535平方公里、人口52万，高新区管理面积255平方公里、人口28.2万，太白湖新区管理面积119.7平方公里、人口11万，济宁经济技术开发区和商贸物流园区管理面积128平方公里、人口11.2万。

截至2020年12月底，辖任城区、兖州区、曲阜市、邹城市、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县、泗水县、梁山县、济宁国家高新技术产业开发区、太白湖新区、济宁经济技术开发区，共5区2市7县，48个街道、4个乡、104个镇。