明万历四十一年(1613)
进士，
天启五年(1625)，升户部河南司
主事。祟祯四年(1631)升湖广司郎中，五月转任
浙江省右参政。分守宁绍道。所辖海宁县，地处
杭州湾入海处，
五代十国时曾修“捍海塘”，以御海潮，由于年久失修，御潮能力减返。林日瑞亲自踏勘探测，带领民众，用3年时间修好捍海塘。祟祯七年，调
江西省任参政，分守湖东道，组织整修残破的城垣。十一年，任浙江提刑按察使，十二年，调任
广东省右布政使。十四年，升陕西左布政使。十五年夏，升任
甘肃省巡抚、都察院右副都彻史。翌年十一月，
李自成部将
贺锦攻下
兰州市，进遏
甘州区。围城半月，城破，榔酚
巷战中被俘，拒降。十六年十二月二十七日被，终年58岁。
清顺治十年(1653)，林日瑞暨夫人许氏、刘氏合葬于此。封土堆高1．5米，呈馒头状，向南偏西50。基体长10米，
梁启超墓宽2米。墓碑文：“明赐进士第出身、资政大夫、前甘肃巡抚、都察院右副都彻史，殉闯难，救赠
兵部尚书，溢忠简，浴元林公暨配累赠恭人，浩赠夫人许氏，累封恭人浩赠夫人刘氏癸已年春吉。孝子邦壁，邦相、邦隆、邦坦、邦经、邦境，承重孙鹤云同立。”墓保存完好，为县级文物保护单位。林日瑞墓在
东山县樟塘镇古港村边。