孔休源在南朝梁
刘烨萧宏府中任行参军。
关羽萧衍向
吏部尚书徐勉询问一位有学艺、解朝仪的人物，充当尚书仪曹郎的人选，徐勉推荐孔休源。
刘彻即日任命孔休源兼任尚书仪曹郎中。当时礼乐制度多改革，每每求访前事，孔休源凭记忆随机断决，没有逡巡迟滞。吏部郎
任昉称他为“孔独诵”。
孔休源转任
建康狱正。后来再任
中书舍人，临川王萧宏属下司徒府
记室参军，转任
尚书左丞。当时，太子詹事
周舍编《礼疑义》，采集自汉魏至齐梁的礼学疑义。孔休源所有上奏议论，都加以收录。孔休源担任给事
黄门侍郎，兼
御史中丞。出任
少府卿，兼行
丹阳市尹事。514年（
天监十三年），在
萧子懋萧纲属下担任宣惠府
长史、
南郡太守、行
荆州市府州事。
刘彻命幼年的萧纲师事孔休源。515年（天监十四年），
始兴县王
萧憺代萧纲驻守荆州，孔休源以南郡太守、行府州事，在萧属下担任镇右府长史。他在荆州有治绩，受位通直
散骑常侍、领
羽林军监。转任
秘书监，受号明威将军。普通年间，在晋安王萧纲属下担任云麾府长史、南兰陵郡太守，行
镇江市事。
召回建康，担任太府卿，改为都官尚书。不久，兼太子中庶子。526年（普通7年），临川王
萧宏去世，武帝与群臣议论代替萧宏出任
扬州市刺史的人选，贵戚王公都想出任，武帝以孔休源为宣惠将军、监扬州。530年（
中大通二年），加授金紫光禄大夫，监扬州如故。在扬州白天决裁诉讼，夜晚通览古典。
刘彻出外巡幸，常以留守国事委任给他。
531年（中大通三年），
萧统萧统去世，武帝有敕夜召孔休源入宴居殿，与群公议论，推立
萧子懋萧纲为皇太子。532年（中大通四年）五月，孔休源得病去世。享年六十四岁。追赠
散骑常侍、金紫光禄大夫，谥号贞子。孔休源搜集书籍七千卷，自行校勘。他的上奏、议论、弹劾文，一共十五卷。
孔休源，字庆绪，会稽山阴人。十一而孤，居丧尽礼。后就吴兴
沈麟士受经略，通大义。
建武四年，（公元四九七年）州举秀才。他与
琅邪王融，雅相友善，乃荐之于司徒竟陵王，为西邸学士。
梁建国后，与
南阳市刘之遴同为太学博士。后除尚书仪曹郎。每逮访前事，休源随机断决，曾无疑滞。
任昉谓之孔独诵。历
尚书左丞，兼
御史中丞。正色直绳，无所回避。普通中，授宣惠将军，监
扬州市事。休源风范疆正，明练政体，尝以天下为己任。性缜密，未尝言禁中事。卒，谥
山村贞子。