龚士芳出生于一个乡绅之家，幼时的龚士芳十分聪明伶俐，惹人喜爱。1906年满清政府在江南招募新兵，龚士芳
应征入伍，编入清军南洋第九镇三三标二营。从
第一次鸦片战争、
中日甲午战争到
八国联军侵略中国，每次战争的结果，
清代政府都是割地赔款，丧权辱国。清廷迫于举国上下都有革新庶政、富国强兵的急切要求，不得不采取
废科举、办学校、兴实业、练新军的一些改革措施。于是在军事上有裁汰
绿营，参照东西各国近代的陆军兵种，编练新军三十六镇的计划。一、二、三、四各镇都在
北洋政府，第八镇在湖北，第九镇在
江苏省。第九镇号称南洋常备军，归
两江总督节制，下辖三十三至三十六共四个步兵标（分隶于十七、十八两个协，每协两标），骑、炮各一标，工程、轴重各一营，共有一万多人。开办时号称征兵，实际上都是用保家卫国的号召，甚至以功名利禄的引诱，劝募而来的。当时清延取消了科举考试，一般读书的士子大多没有出路，一时投笔从戎者相当踊跃。龚士芳也是抱着这样的心情投奔新军。龚士芳所在的二营，管带
赵声，字伯先，江苏丹徒人，是一名革命党人。赵声少怀大志，能文善武。1901年考入江南水师学堂和陆师学堂，开始接触民主政治学说。1903年东渡
日本考察，与
黄兴结识，回国后，任南京两江师范教员和长沙实业学堂监督，积极宣传革命思想，曾撰写七字唱本《保国歌》，秘密散发。1905年任江阴新军教官。不久辞职，随
郭人漳到
广西壮族自治区，任广西巡防营管带。1906年赵声由在第九镇任参谋的同乡好友
陶骏保推荐，任南洋陆军第九镇三十三标二营管带，后升为标统。
赵声奉行“军事救国”方针，一心把部队造就成民主革命的武装。在军营设阅书报社，一面扩大士兵的知识面，一面借机宣传革命思想。赵声还在标本部组织俱乐部，作为联络同志讨论革命大事的机关。赵声作为长江地区
中国同盟会领导人，积极发展中国同盟会会员，秘密传播革命思想，外联同志，积极策动反清武装斗争。
1906年由于龚士芳训练刻苦，为人机警，龚士芳被提升为副目。此时，第九镇俨然成了革命党人聚集的地方。龚士芳在赵声的感召下，秘密参加赵声组织的各项活动，迅速成为军中反清的积极分子，得到赵声的信任。1908年龚士芳加入了中国同盟会。1908年满清政府举办太湖秋操，江南第九镇和湖北第八镇互为假想敌，结果人数少得多的第九镇获胜，
徐绍桢名声大振，被提拔为副都统。徐绍是
举人出身，先人四代都是做幕僚的，徐绍桢19岁开始幕僚生涯。后来弃文领兵，历任江西常备军统领、广东全省营务处总办、苏淞镇总办和江北提督、第九镇统制等，统制相当于师长，是二品官。
辛亥革命前的
黎元洪只是协统，地位要低于徐绍桢。徐绍桢并不是革命党人，甚至连立宪派都不算。徐绍桢对革命思想在自己军中蔓延，虽有察觉，但处理上左右为难：他既是朝廷高官，食君之禄，须忠君之事，但他也了解世界大势，深知
清代朝廷的不可救药。
徐绍桢曾任
福建武备学堂总办一职，很多新军第九镇的军官又都是他的学生，所以，对自己手下暴露出来的革命党也很是宽容。1908年的一天，作为新军第九镇统制的徐绍桢奉令前来密査，发现三营士兵副目龚士芳的手册上写着“驱逐鞑虏，恢复中华，兴汉灭满”等字句，大惊失色，当即对陪同他一起检查的将校说：“今日幸而被我发现，若被我师（指
两江总督托忒克·端方）知悉，就要大祸临头！”随即命令龚士芳借故退出队伍，才避免一场大祸。龚士芳后来回
海门区当了一名警察。1911年
辛亥革命爆发，海门光复，即由直隶海门厅改称海门县，龚士芳升任县城茅镇警官。1915年
袁世凯谋划复辟称帝，全国各地举旗讨袁，为策应
蔡锷将军在
云南省发起的护国战争，龚士芳在1915年12月辞职赴
上海市、
苏州市等地参加革命活动，与
中国国民党员
伏龙、
顾锡九等人，携带炸弹，计划准备潜入南通城发动武装起义。不料，此事被
南通市镇守使管云臣探知，管云臣伪装响应，并派陈葆初等到沪邀革命党人至南通计议。伏龙、龚士芳等人虽恐有诈，但为革命
大业，仍冒险前往。船至南通，管云臣假献殷勤，设宴接风，密电袁世凯，请示如何处置。
袁世凯密令杀之。管云臣派小轿相送，行至南门小坝口，伏兵齐出，将龚士芳等人杀害。龚士芳牺牲时，年仅25岁。1985年经人民政府批准，龚士芳被追认为革命烈士。