厦门市人民政府是厦门市的行政管理机关，是副省级行政机关。

10月17日，厦门全岛解放。

1949年10月21日，成立厦门市人民政府，并定厦门为省辖市，设开元、思明区、鼓浪屿、厦港、禾山等5个区公所。至1954年，各区公所先后改为区人民政府。

1955年改称区人民委员会。

1958年8月，同安区由晋江专区划归厦门市管辖。

1959年8月，成立杏林工业区建设委员会，至1964年撤销。区划几经调整、增减，至1967年4月，厦门市人民委员会辖东风、向阳、鼓浪屿、郊区等4个区和同安县。

1966年8月，开元、思明区更名东风、向阳区。

1968年9月，成立厦门市革命委员会。

1979年10月，复原名（开元、思明区）。

1970年2月，同安县划属晋江专区（地区）。

1973年6月，同安县再归厦门市。

1978年09月01日起，设杏林区。

1980年5月，撤销市革委会，恢复市人民政府。辖区区划几经调整、增减和更名，后为思明区、思明区、鼓浪屿区、郊区，同安区。

1980年，经国务院批准，在厦门市设经济特区，初期开发面积2.5平方公里，设湖里开发区管理委员会。

1984年邓小平视察厦门后，国务院批准厦门经济特区扩大到全岛。

1987年，湖里开发区改为湖里区，郊区改名集美区。

1990年12月底，厦门市人民政府下辖开元区、思明区、鼓浪屿区、集美区、杏林区、湖里区等6个区和同安县。

1997年05月01日起，同安撤县设区。至此，厦门市人民政府辖鼓浪屿区、思明区、思明区、杏林区、湖里区、集美区、翔安区7个区。

2003年5月起，经国务院批准厦门市调整部分行政区划。一、思明区、鼓浪屿区和开元区合并为新思明区；二、将杏林区的杏林街道办事处和杏林镇划归集美区管辖，杏林区更名为海沧区；三、设立翔安区，将同安区所辖新店镇、新圩镇、马巷街道、内厝镇、大嶝岛5个镇划归翔安区管辖。至今厦门市人民政府辖思明区、湖里区、集美区、海沧区、同安区和翔安区6个市辖区。

2014年12月12日起，国务院决定设立中国（福建）自由贸易试验区，其中厦门片区共43.78平方公里。