南平市人民政府是南平市的行政管理机关。

【清及其以前】  南平是福建省最早开发的地区之一。早在4000多年前的新石器时代，就有土著人在此繁衍生息。夏商时期，天下分九州，南平属扬州市。周时，属七闽地。姬扁三十五年（前334年），建立闽越，南平属之。秦始皇二十六年（前221年），南平属闽中郡。西汉高祖五年（前202年），南平属闽越国。汉建元六年（前135年），馀善封为东越王，在闽北割踞，闽越改称东越。馀善分别在今浦城县、武夷山市、建阳区、邵武市建成六座城堡拒汉。汉元封元年（前110年），东越被汉王朝所灭，立冶县，南平市属之。

东汉建安初年（约196年），福建省境内始置5县，南平有南平(今延平区)、建安（今建瓯）、汉兴（今浦城）3县，属会稽郡南部都尉，是最早的县级政区。建安八年（203年），移南部都尉于建安。建安十年，析建安桐乡及今江西上饶一部分地置建平县（今建阳）。

三国吴永安三年（260年），以会稽南部地置建安郡，郡治建安，辖10县。

魏晋南北朝时期，实行州、郡、县三级地方政区制。晋太康三年（282年），建安郡属扬州市。元康元年（291年），属江州（今江西九江）。南梁普通六年（525年），属东扬州。陈永定初年（约557年），改属闽州（今福州）。光大二年（568年）属丰州（今抚州市）。

隋开皇九年（589年）废郡为县，将原州、郡、县三级政区制改为州、县二级政区制，废郡后的建安属泉州市（今福州）。大业初（约605年），属闽州（治福州市）。大业三年（607年），闽州又改名建安郡。

唐王朝实行道、州、县制度。武德四年（621年），州治从福州移至建安（今建瓯），并改郡为泽州，属泉州都督府。景云二年（711年），属闽州都督府。天宝（742年），改建州为建安郡，属江南东道采访使。乾元元年（758年），又改为建州，属福州都督府。肃宗上元元年（760年），属福州节度使。大历六年（771年），属福州都团练观察处置使。

五代十国闽龙启二年（934年），王审知在福建省建立闽国，建州属之。后晋天福八年（943年），王审知之子王延政在建州建国，国号“殷”。南唐保大四年（946年），殷亡，改建州为永安军，不久又改为忠义军。同年，析泽州地置南平市，治剑浦（今延平区）。时南平境内二州并立。

宋代，实行路、府（州、军）、县三级政区制。开宝八年（975年）改忠义军为建州。太平兴国三年（978年），建州、剑州同属两浙西南路。太平兴国四年（979年），因四川省亦有剑州，改南平剑州为南剑州。太平兴国五年（980年）增置邵武市军，治邵武，时南平境内2州1军并立。雍熙二年（985年），建州、南剑州、邵武军改属福建路。端拱元年（988年），升建州为建宁军节度，绍兴市三十二年（1162年）再升为建宁府。

元代，至元十三年（1276年）改邵武军为邵武路。至元十五年（1278年），改建宁府为建宁路，南平市为南剑路。大德六年（1302年），改南剑路为延平路，闽北3路同属福建行中书省。

明代，洪武元年（1368年），改建宁路为建宁府，邵武路为邵武府。洪武二年（1369年），改延平路为延平府。3府同属福建布政使司。

清代，建制沿袭明制，境内仍设建宁、延平区、邵武市3府。

【民国时期】  民国元年（1912年），废府（州、厅）改道，实行省、道、县三级政区制。福建省设东、西、南、北4道，南平为北路道，道所在地南平，辖16县。民国3年6月，改为建安道。民国16年废道，实行省、县二级政区制，南平市各县直属福建省。

民国22年11月“福建事变”，成立中华共和国人民革命政府，即福建人民政府，在南平设延建省。民国23年1月，福建人民政府失败，2月成立福建省人民政府。7月由于福建省属“剿匪”省份，为便于督察，实行行政督察专员制度，设置行政督察专员公署。全省划为10个行政督察区，闽北境内设第三（驻南平）、第九（驻邵武市）、第十（驻浦城县）3个行政督察区。民国24年10月，福建省改划为1市7个行政督察区，闽北境内设第二（驻南平市）、第三（驻浦城）2个行政督察区。民国27年8月，第三行政督察区专署由浦城移驻建阳区。此后，两区建制沿续至民国38年5月闽北大部分县解放。

【中华人民共和国成立后】  1949年5月，闽北大部分县解放，9月境内设两个行政督察专员公署，为福建省人民政府的派出机构，即第一行政督察专员公署（驻建瓯）、第二行政督察专员公署（驻南平）。

1950年3月，为便于与民国建制的识别，行政督察专员公署改冠以驻县名。4月1日，第一行政督察专员公署改名建瓯行政督察专员公署，第二行政督察专员公署改名南平行政督察专员公署。9月27日，建瓯行政督察专员公署驻地迁至建阳区，改称建阳行政督察专员公署。11月1日，建阳、南平市两公署分别改称福建省建阳区专员公署、福建省南平区专员公署。1955年3月，又分别改称建阳专员公署、南平专员公署。1956年3月26日，撤销建阳专员公署，所属各县划归南平专员公署。

“文化大革命”开始后，1967年2月19日成立南平地区革命造反委员会。3月18日，改称南平地区革命委员会。1968年5月15日，根据福建省军区的指示，改称为南平专区革命委员会。1970年9月，南平专区驻地迁驻建阳区。1971年7月1日，正式改称建阳地区革命委员会。

1978年3月，撤销建阳地区革命委员会，成立福建省建阳地区行政公署。1988年10月24日，经国务院批准建阳地区驻地迁回南平市，1989年1月1日正式改称南平地区。1994年9月，国务院批准撤销南平地区设立地级南平市，原县级南平市同时改设为延平区。1995年1月18日，南平地区正式改称南平市。2014年5月，经国务院批准，建阳撤市设区，南平市政府驻地迁至建阳区。2019年底，南平市行政中心驻地正式迁至建阳区武夷新区。

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2023年3月26日，南平市人民政府与中国烹饪协会签订了战略合作协议书。