1946年5月，河南省阿专正式开始招生，学校的办学宗旨是“苏生回教文化，造就中阿兼通师资”，生源主要来自河南、山东省、安徽等地。当时，清真寺门口悬挂“河南阿文专修学校”、“河南阿文专修学校董事会”二块校牌。 1996年，清真寺要恢复阿文学校的请求得到了顺河回族区的批准，并于当年开始招生。

1945年，中国抗日战争胜利，由于日寇侵华以及抗战的缘故，使得伊斯兰教人才极度匮乏，各地穆斯林有识之士积极志力于培养优秀教职人员的艰巨事业，掀起了轰轰烈烈的办学热潮。民国31年（1942年），郭清心阿訇从甘肃省、青海省学成归来，接受了王家胡同清真寺的聘请，开始担任王家胡同清真寺教长，以代替其父当时已经名震豫东的郭景福老阿訇。郭清心阿訇与其堂兄郭清魁，以及著名阿訇孙国才、郑国光一齐以清真寺为学校，建立起河南阿文专修学校（以下简称“河南阿专”）。名誉校长聘请王静斋。

清真寺的郭清心阿訇首先联络长他4岁、为人宽厚、擅长讲经的堂兄郭清魁一同筹建河南阿专。当时河南阿专聘请王静斋阿訇担任学校的名誉校长，王阿訇学识渊博，汉译《古兰》为世所重。学校校长是刘志三阿訇，系郭清心的岳父。学校董事会由几十名政界、商界、教界的穆斯林社会贤达组成，董事长为狄彦臣，其实校长、董事均系挂名，不负实责。教师主要有郭清魁、郭清心、郑国光、孙国才等人，郑国光是郭清心的妹夫，孙国才后来也是王家胡同寺的阿訇，当时由于建设河南阿专的需要，郭清心阿訇辞去了阿訇职务，由孙国才阿訇继任。

1946年5月，河南省阿专正式开始招生，学校的办学宗旨是“苏生回教文化，造就中阿兼通师资”，生源主要来自河南、山东省、安徽等地。河南的学生主要来自太康县、淮阳区、睢县、民权县、封丘县，以及开封市本地。山东的学生主要来自于定陶区、青岛市。学生们除来自于河南、山东两地之外，还有来自于东南地区的，如安徽、江苏省、上海市、浙江省等省市，当时学生人数共计116人（统计可能尚有脱漏）。当时，清真寺门口悬挂“河南阿文专修学校”、“河南阿文专修学校董事会”二块校牌。学生佩戴学生证、校徽。校徽呈倒三角形，墨绿色，上印中阿文“河南阿专”。当时开封为国统区，为避免学生遭丁役之患，校门口还悬挂有“国防部布告”，明文规定清真寺禁止驻兵、骚扰。学生们被编入第12保2甲22户。

学生来自西面八方，兼有农民、小商贩及在校学生，年龄在13-30岁之间，均是男生。学生们基本上是自费，公费生仅有安徽籍撒平廉、仝茂森两名学生。学生们每人每年要交600斤小麦作为学费，但由于大多数学生很贫困，因此往往是不交或少交麦子。百余名学生住在清真寺内水房屋楼上的宿舍里，每间二炕。冬天，学生就寝后简直无插足之地；夏天，大多两人一席，首枕土块，露宿殿前月台。伙食是一天两餐：一顿面条，一顿馒头。伙房在大殿北侧，吴中权、刘西芳两人负责起火做饭。六个饭桌，每个饭桌放两盆菜，没有凳子，学生们大多站着或蹲着吃饭，师生同吃大锅饭，不开小灶。

王家胡同寺除提供校址，还将八亩地的菜园子用来种植蔬菜，供学生食用，当时办学条件极差，环境恶劣，百余名学生的衣食住行，全仗社头和热心教门的乡老们操办，他们就是不挂名的学校员工。开封市的海跃德负担5个哈里发的供养，并和两位开新华楼、汇芳泉澡堂的郑姓哈志共同担负起学校用煤。

学校办学的经费主要有两个筹措渠道：一是靠本地清真寺和穆斯林的钱物支持，二是靠外出募捐。学校募捐主要由郭清心负责，募捐地点主要在华东沿海城市和东北地区。两次大的募捐活动分别是郭清心和王静斋老阿訇到东北沈阳、刘志三阿訇到徐州市、南京市、上海市等地积极筹措的。

河南阿专设置的课程主要有：初级阿拉伯语、《古兰经》诵读、“亥提”（《古兰经》选集）、“岁里夫”（词法）、“拜亚尼”（修辞学）、“伟嘎业”（教法学）、“客俩目”（认主学）、汉语和英语。学校根据学生的程度不同，分别将学生编入低、中、高级班，低年级学课程的一、二、三部分，高年级学四、五部分，中年级介于两者之间。学校按照西北经堂教育模式授课，每天晨礼毕上第一堂课，约两个多小时；晌礼后进行第二次讲授，约1个多小时，谓之“接经”。白天其他时间，学生各自背诵温习。宵礼后，学生向老师转叙白天的上课内容，谓之“回经”。郭清魁教低、中年级，郭清心教高年级，孙国才教阿拉伯语，郑国光教教法。他们之间其实并没有严格的分工，可互相替代。汉语、英语为自选修课。山东定陶郭海涵老师任汉语老师，英语教师是聘请当时国立河南大学的郭海腾老师担任。汉语、英语一般为高年级学生所学。学校缺桌少凳，学生往往捧着经本，盘坐在礼拜殿上大课。学生多、老师少，除上课外，亦采取高年级教低年级，进步者帮后进者的方法。学校每两个月考试一次，成绩优秀者，张榜公布，发给奖品。对“回经”不好、考试成绩差或违犯教规校规者，除了批评教育之外，有时还要体罚，如打手心、顶板凳等。每天的五时拜，每周五的主麻聚礼，非重病、外出等特殊情况，不得缺席。“莱麦丹月”必须封斋。礼拜封斋是穆斯林必修功课，对学生来说，更须身体力行，不能马虎。教师们均不拿薪水，全是义务。途经开封王家胡同清真寺的阿訇、学者，也常被邀请，前来客串授课讲经，如著名的庞士谦阿訇，就曾应邀来校授课。

王家胡同清真寺武术人才辈出，老社头狄彦臣、狄良臣兄弟俩曾在清真寺东面设立武场，以强身健体，广交朋友为目的。而在清真寺西面烧鸡胡同内有丁全福、丁全义兄弟设立的武场，丁氏兄弟也经常来王家胡同清真寺礼拜，当时民国政府曾授予丁全福“武术大力士”的称号，当时就是名震中原的人物。一次，狄彦臣和狄良臣兄弟曾与丁氏兄弟比武，并一举获胜，让丁氏兄弟输得心服口服，狄氏兄弟的武术遂扬名豫东。河南阿专的很多学生在课余时间跟老社头狄彦臣、狄良臣习拳练武，因而阿专出来的学生，大多会打几趟拳，踢几趟腿，舞枪弄棒。

从1946年6月开学到1948年9月，阿专在开封市办了两年又三个月。时局发生了巨大变化，人民解放军逐步由北向南推进，中原自古乃兵家必争之地，于是，河南省的各类学校为逃避战火而纷纷南迁，河南阿专也不例外。最初，河南阿专先转移至嘉兴市，后因郭清心阿訇担任太康东寺教长、郭清魁阿訇担任太康北寺教长的缘故，河南阿专曾一度转移至河南太康，但河南阿专最终还是移至浙江嘉兴。在浙江嘉兴，广大回族同胞多是河南人，对阿专印象较深，并且浙江嘉兴毗邻上海市，经济条件较好，有住房，能安置学生。郭清心、郭清魁带领80多名学生，先后分三批抵达嘉兴，其余的学生或提前毕业，或因家庭羁绊，不能随校南下。

河南阿专在嘉兴维持一年又两个月，除了嘉兴清真寺阿訇、社头、乡老们大力支持之外，上海穆斯林也伸出援手、鼎力相助，刘召力、沙惠恩、马人斌等多次为阿专募捐出力。在嘉兴市，学生们的状况进一步恶化，在上海散发的募捐书中称：河南阿专的学生正在“嗷嗷待哺”，日子之艰难可见一斑。到后期，社会环境已不许外出募捐，学校经济来源枯竭，迫不得已，学校给学生们发放了路费，分批遣返学生。不少学生对学校、对老师情深意长，依依不舍，不愿离去。之前回去的学生有的回家住几天，又折回嘉兴，希望学校形势好转，再进行学习。1949年12月，河南阿文专修学校经过风风雨雨三个多春秋，最终在浙江嘉兴解散。

河南省阿专的创办，在河南、山东省、安徽、浙江省、上海市等省市有一定影响，当时就“名盛一时”。广大穆斯林十分支持，各地保送的学生应接不暇。三年多的学习，给学生们打下了良好的宗教根基。河南阿专以后担任清真寺阿訇、教长的有孙宝琳、钱培德、韩道真、王西超、李金岭、李保云、丁存志、白廉、赛敏贤、刘关连、孙良仁、穆士林、方国安、白永亮、张振兴、郭宝真、杨希舜、郭海民、姚文忠、李金凯、沙义良、郭宝信、王宝舟、戴清平、马西银等等。河南阿专还向北京中国伊斯兰协会经学院输送了两名学生，他们是沙义良和郭宝信。

随着河南阿专的南迁，以及1954年河南省省会迁至郑州市的影响，开封王家胡同清真寺也由原先的兴盛，转而为低迷发展。当时众多世代在清真寺周围居住的教民，开始迁往西安市和郑州，这时在清真寺内常行教门的人屈指可数。河南阿专南迁之后，任王家胡同清真寺教长的是张文祥阿訇。

清真寺一直秉承“积极办学，培养教门人才”的宗旨，在清真寺重建落成之后，“恢复阿文学校、再次办学培养人才”的设想被提上议事日程。恢复阿校的筹组工作于1995年展开，清真寺内组成了筹建小组，首次参预筹建的成员有：白三哈志、白瑞祥、刘树同、马玉明、杜松民、杜老黑、郭宝信、盖俊生、刘志明、周士禄、赛敏贤、赛英贤、郑国光、杨树林、尚友、盖志强、刘志亮等。1996年，清真寺要恢复阿文学校的请求得到了顺河回族区的批准，并于当年开始招生。王家胡同清真寺远赴西安市、西宁市招聘老师、招收学生。最终得到西宁东关大寺的支持，最终选中了年轻有为的韩国信阿訇作为王家胡同清真寺（恢复）阿文学校的老师，韩老师诵读《古兰》是出了名的，得到了著名的黄万钧阿訇和潘家修阿訇的一致好评。当时绵阳市的穆勇胜阿訇作为王家胡同清真寺的教长也担任阿校的教师，焦作圪店阿文学校派来苏祥增老师作为阿拉伯语老师，本地的郭宝信阿訇、郭宝光，刘世同、马玉明、金辉等担任恢复阿校的老师。

恢复阿校最初打算先办一期，学制三年，主要给学生们开设《古兰经》诵读与讲解、圣训、教法、阿拉伯史地、伊斯兰教史、回族史、现代阿拉伯语、汉语，以及英语、武术等课程。学生主要是由焦作圪垱店阿校送来的，近30人，并且有男生也有女生。学生们早上晨礼过后基本上不休息，马上投入到早操、早读之中，早读两节课一直上到早上7：40，吃早饭的时间只有20分钟，紧接着就是上午紧张的四节课，一直上到中午11：40，中午吃过午饭学生们又开始晌礼，下午从2：10开始上课，一连四节课，最后一节是在礼和昏礼之间。晚上宵礼之后学生们还要加上一个小时的晚自习，熄灯是在晚上10：30。可见学习之忙碌。

1998年，恢复阿校正在办学兴旺之时，由于多种原因主要教课老师突然离去，造成学生无法正常学习，清真寺也构想了诸多补救办法，但都为时已晚。最终，王家胡同清真寺（恢复）阿文学校在持续办学近两年之后停办。