十六世纪，藏传佛教
格鲁派传入
蒙古族地区，到十七世纪中叶，已经广泛传播于大部分蒙古族地区。
喀尔喀蒙古族汗王派人赴藏，要求
西藏自治区派高僧前去传播佛教。1614年（明
万历四十二年），觉囊派高僧
多罗那他被外
蒙古高原诸汗王迎请到
乌兰巴托，并被尊称为“哲布尊丹巴”。1634年（明
崇祯七年），多罗那他在
库伦旗去世。次年，
土谢图汗部王妃生一子，被确认为多罗那他的转世，法号
曲卡·罗桑丹贝坚赞，立其为法王。
顺治六年（1649），罗桑丹贝坚赞赴西藏学法。七年（1650），罗桑丹贝坚赞从四世班禅喇嘛
罗桑·却吉坚赞受戒，并觐见了
格鲁派领袖五世达赖喇嘛
阿旺罗桑嘉措，两人均要求其改宗，作为正式承认其
活佛地位的条件。在
固始汗的扶植下，八年（1651），罗桑丹贝坚赞由
觉囊派改宗格鲁派，达赖承认其为第一世哲布尊丹巴。从此开始了哲布尊丹巴活佛系统。
顺治十四年（1657），
曲卡·罗桑丹贝坚赞回
蒙古高原传法，驻喀尔喀土谢图汗部之
额尔德尼召（光显寺），逐渐成为
蒙古高原各部的宗教领袖。
康熙二十七年（1688），
青海喀尔喀部受
准噶尔汗国噶尔丹策零的攻击，罗桑丹贝坚赞率喀尔喀三汗所属部众臣服于
清朝。三十年（1691），
爱新觉罗·玄烨册封其为
呼图克图大
喇嘛，统管蒙古喀尔喀部宗教事务。此后，按惯例，哲布尊丹巴
活佛系统的传承需受到清朝皇帝的册封才具有效力。
1911年10月，
辛亥革命爆发，八世哲布尊丹巴博克多格根在
俄罗斯帝国的支持下于12月28日宣布外蒙古独立，任日光皇帝“
额真汗”，改元共戴。1915年，哲布尊丹巴取消独立，受
袁世凯政府册封为呼图克图汗，保持了自治王公的地位。1919年，
北洋政府徐树铮趁
十月革命之后
俄罗斯帝国内战之际，率军队进占库伦，取消
博克多汗国自治。1921年，
蒙古人民革命党在
苏联红军的协助下击败
白俄军队，夺取蒙古政权，7月10日哲布尊丹巴成为
立宪君主。1924年，八世哲布尊丹巴博克多格根于库伦突然
圆寂，人民革命党政府（政权）宣布不再寻找转世灵童，11月24日建立
蒙古，开始限制和控制
藏传佛教信仰（立法禁止寻找转世）。该世系在外蒙古终结。
其后，在
土登嘉措的主持下，
西藏自治区僧侣在
藏区秘密进行了寻找哲布尊丹巴博克多格根转世灵童的仪式，在1936年确认
蒋巴南卓（1932年11月10日出生于拉萨
大昭寺附近）为哲布尊丹巴转世。
1959年，
蒋巴南卓随达赖离开西藏，1991年，
蒋巴南卓被达赖喇嘛正式确认为哲布尊丹巴博克多格根转世。次年他移居
印度西北部的
达兰萨拉，举行了坐床仪式。但其身份从未得到
蒙古政府承认。1999年，他曾赴蒙古国访问，期间造成了很大的轰动。2010年他加入
蒙古籍，2011年11月2日，蒙古国首次公布并承认
蒋巴南卓宗教领袖地位，并在蒙古国首都
乌兰巴托的
甘登寺举行坐床仪式。2012年3月1日，第九世哲布尊丹巴于乌兰巴托
圆寂，享年80岁。