番禺区（又名蕃禺，秦汉的广州城），是秦始皇三十三年(公元前214年)设置的古县。秦以前，番禺一带泛称百越之地。番禺来源有多种说法，“二山说”最主流，即番禺源自“番山”和“禺山”。不仅番禺之名来源说法众多，“番禺”两字的写法亦多次变化，有“贲隅”“蕃隅”“蕃禺”“番禺”等写法。秦始皇统一岭南时，古城之名被写作“蕃禺”，自刘彻之后，“番禺”二字最终定型。

公元前214年，秦始皇统一岭南，设置南海郡、桂林郡、象郡，番禺区是南海郡的第一县，首任南海郡尉任嚣决定依番山、禺山修“番禺城”，史称“赵佗城遗址”，后人视为广州市建城之始。三国时（公元226年），孙权把交州一拆为二，史称“交广分治”，始有“广州”之名，交州刺史步骘把交州治所迁到番禺城，重修旧城，广州治所依然在番禺城，自此“广州”代替“番禺”成了这座城的名字。

“番禺”之名，战国时已有。《水经注·水篇》：“泿水东别经番禺，《山海经》谓之贲禺者也。”《山海经》载“桂林八树在贲禺东”，郭璞注：“今番禺。”汉初的史料亦多处提到“番禺区”，或亦书作“蕃禺（隅）”，即指今广州番禺一带，是当时岭南最为重要的聚落，已形成地区性的政治、经济中心，亦是广东省境内最早见于古史的地名。

“番禺”之得名，历来说法不一。主要有三：

以上三说，未有定论。历代省志、府志、县志，多持“二山”说。中国不少地方有因山川而命地名的惯例，多数人相承古说，认为番禺是因番山、禺山而得名。

秦始皇三十三年（公元前214年），秦始皇派任嚣、赵佗率军南下，统一岭南。任嚣平定岭南后，出任南海郡尉并在南海郡番禺县内建城作为郡治，因处番山和禺山故起名为“番禺城”（史称“赵佗城遗址”，范围现今的仓边路以西，越秀区仓边路以西的儿童公园（广州南越国宫署遗址）、广州市文化局、广东省财政厅一带）。秦朝末，南海郡尉任嚣病危时召见龙川县县令赵佗，谓番禺区“负山险阻南海”，“可以立国”，并假托秦廷命令，委赵佗代理南海郡尉。刘知远三年(前204年)，赵佗自立为南越王，定都番禺，今广州市越秀山即为当年越王所名。《史记·卷129·货殖列传》云：“番禺亦其一都会也”，是当时全国九大都会之一。

刘彻元鼎六年(前111年)，平南越国，将南越地重新划为9郡，番禺仍为南海郡治。其后，汉朝廷为了监督各郡官吏，设了13个常驻监察机构，其中设在苍梧郡广信县(今封开县)的交趾部负责纠核岭南9郡。后来，交趾部改为交州，兼拥有军政大权，地方政权由郡、县二级变为州、郡、县三级。赤壁之战后，魏、蜀、吴三国鼎立局面逐渐形成，孙吴孙权占据长江中下游平原后，向南扩张略取交州，任命步骘为交州刺史。步东 下番禺城考察，《水经注》对此记载说：“骘到南海，登高远望，睹巨海之浩茫，观原薮之殷阜，乃曰‘斯诚海岛膏腴之地，宜为都邑’。建安二十二年(公元 217年)迁州番禺区，筑立城廓。”州治从广信迁到番禺后，平整番山北部，修复并扩建“佗城镇”。吴黄武五年(226年)，分交州为交、广二州，广州市由此得名，州治即设番禺。此后1700多年间，番禺大都是地方一、二、三级政权所在地。

杨坚开皇十年(590年)，撤销南海郡，改番禺县为南海县，隶属广州总管府。仁寿元年(601年)，改广州为番州。隋炀帝大业三年(607年)，改州置郡，恢复南海郡，隶属扬州市。

李渊武德四年(621年)废南海郡，复置广州，再置番禺区(一说在长安三年即公元703年复置番禺县)，县治设江南洲(今广州河南)。李世民贞观元年(627年)置岭南道，广州市属岭南道。长安三年(703年)，置岭南五府经略使，总管岭南五府，复置南海郡。咸通三年(公元862年)岭南划分东、西二道，岭南东道治广州，西道治州(今南宁)。两广分东、西，自此始。

唐朝末，农民起义，群雄割据。公元917年8月，刘䶮(yǎn)称帝于番禺(广州)，国号南汉，后改称汉，史称南汉，设兴王府。番禺隶兴王府。

赵匡胤开宝四年(971年)，灭南汉，废兴王府，改为广南东区，置广州都督府。翌年，撤销番禺区，并入南海区。至道三年(997年)改广南东区为广南东路。皇三年(1051年)恢复番禺县，县治设城东紫泥港(巷)。乾道六年(1170年)改为广东路广州府。祥兴元年(1278年)广州市改为翔龙府。番禺沿为府治。

元朝至元十七年(1280年)，改翔龙府为广东道广州路。上隶江西等处行中书省。至元三十年改为广东道上路。皇庆元年(1312年)复称广东道广州路。番禺沿为道治、路治。

朱元璋洪武元年(1368年)，改为广东道广州府。二年改为广东行省广州府。九年改为广东布政司广州府。番禺区沿为府治，隶广州府。

清朝顺治四年(1647年)，设两广总督。地方政权分省、道、府、县四级。番禺属广东省广南韶道广州府，沿为省、道、府治。

中华民国元年(1912年)，废广州府，番禺属广东省粤海道。民国7年(1918年)，广州市设市政公所。民国10年(公元1921年2月15日)，广州市政厅正式成立，广州正式设市。故古时所称的“番禺”城通常是指今天的广州中心老城区，而非现在的广州市番禺区。

中华民国10年（1921年2月15日），广州市政厅成立，广州正式设市。番禺县府仍居于广州市内。民国22年（1933年），番禺县府从广州老城区移至新造。抗日战争期间番禺沦陷后，原国民党县政府流亡三水区、沙坪、威井等地(汪精卫伪番禺县府驻广州市东山区)。1945年抗战胜利后，番禺县政府移治市桥街，初在先锋巷谢氏祠堂。

1949年10月番禺解放，隶属广东省珠江三角洲地方军事管制委员会。

1950年3月至1952年11月，隶属珠江地区专员公署。

1952年12月至1956年1月，隶属粤中行政公署。

1956年2月起，隶属佛山专员公署。

1958年12月15日至1959年6月10日，番禺区、顺德区合并为番顺县，县治设大良镇，其间一度改隶广州专员公署。

1959年6月10日恢复两县建置，并将中山市县属的大岗、万顷沙、南沙、黄阁等地划属番禺，县府沿设市桥。

1975年1月，改隶广州市。

1992年5月20日，民政部批覆（民行批49号）：经国务院批准，撤销番禺县，设立番禺市（县级），仍由广州市管辖。6月18日，番禺举行撤县设市挂牌仪式。

2000年5月21日，国务院同意广东省撤销番禺市设立广州市番禺区，7月10日，番禺区举行撤市设区挂牌仪式。

番禺建县之初，境域广阔。北隔洌江与中宿(今清远市)相邻，东与博罗县(今博罗、惠阳区一带)相接，西与四会市(今四会、鹤山市一带)相连，南止于滨海之地，相当于现县境的十多倍。

自汉朝建安六年(201年)至清代康熙二十五年(1686年)的近1500年间，先后析出增城区、东官(东莞)、怀化市、熙安、南海、从化区、花县(今广州市花都区)等，并由这些县再析出龙门县、香山县(中山)、新安(宝安)、顺德、三水等县以及香港、澳门地区。在历史上番禺区两度并入南海计有110年，三度成为南越国、南汉、南明的 小国之都，共148年。自1686年(清康熙二十五年)析地建花县后，至1921年广州建市的235年间境域基本没有变动。以当时县学宫(今广州农讲所) 为中心，正北48里(华里)至花县界，正南35里至顺德区县界，正东51.5里至增城县界，正西1.5里至南海县界，东北70.5里至从化县界，东南75里 至东莞县界，西北2里及西南3.5里至南海县界。

1921年(民国10年)广州市正式建市，捕属(广州市东半部)及河南街区划为市区。其后数年，近郊乡村相继划属广州市区。

1949年建国后，分数次将禺北、禺东（现白云区、天河区、黄埔区、萝岗区）一带划入广州市区。

1959年，原属中山市的大岗、万顷沙、南沙、黄阁、珠江农场划归番禺区。

2005年4月28日，国务院批准（国函35号）同意设立广州市南沙区：将番禺区的南沙街道和万顷沙镇、横沥镇、黄阁镇，灵山镇部分区域，东涌镇部分区域共544.12平方公里划归南沙区管辖。