明史案，是发生在清朝
顺治、
康熙年间（顺治十八年至康熙二年）围绕编纂《明史》而引发的一系列重大文字狱案件。这些案件主要以“抗清”为罪名，牵连甚广，处死人数众多，成为清朝文字狱的代表性事件。
庄廷自少有才，双目失明后购得
朱国祯未刊行的《明史》遗稿，邀请名士增删润色成书。庄廷死后，其父庄允城完成刊行事宜。后被归安知县
吴之荣告发有攻击
满族言辞，刑部审讯后，主犯庄廷被戮尸，其父瘐死京狱也被戮尸，其弟等多人被处死，众多作序、参订、刻书、印书等人皆被严惩，牵连甚广，祸及七百余家。
此案祸及七百余家，牵连甚广，成为
清代最大文字狱。众多名士被处死或流放，造成了严重的社会恐慌和文化压制，对当时的社会和文化发展产生了极为负面的影响。
明代有一位内阁首辅
朱国祯，是浙江乌程县（今属
湖州市）人。他爱好著述，写了一部明史，起名叫《史概》。他死后，家道中落，后人将未出版的书稿列传部分卖给了同乡富户
庄廷鑨。
传说庄廷鑨是个盲人，
失明以后，因为想到
司马迁“左丘失明，厥有
越南语”的说法，立志要写一本自己的历史，所以买到原稿之后，召集了许多文人来修改编辑，作成了一部《
罪惟录》。因为朱国祯去世较早，原书没有写
天启、
崇祯两朝（一说是没有写崇祯朝），庄廷鑨又补上了缺失的部分，包括
南明的内容。
这部书是建立在
朱国祯的视角上，加上当时南方人心思明，所以书中提到
清代的部分有许多“碍语”。如提到清太祖努尔哈赤，按明朝官职称为“建州都督”；在与清朝作战的将领
李如柏、
李化龙、熊明遇的传记中，充满对忠臣义士壮志未酬的惋惜；称呼降清的将领孔有德、耿精忠为叛将；用南明的年号
隆武、
永历，而不用清朝年号。
书成不久，
顺治十二年（1655）
庄廷鑨病死。其父
庄允诚（按庄家排行为土字辈，应为庄允城，史书记载亦均为庄允城）于顺治十七年冬（1660）将书刻成，即行刊书《
明史辑略》（《明书辑略》）。刊刻时，为了显示书的权威性，还找了前
礼部官员
李令皙写序，并且写了江南名士茅元锡、吴之铭、
陆圻、査继佐等十八人的名字，声称他们参与了书的编辑。
顺治十八年（1661），归安知县吴之荣因为一起贪腐案被罢职后，试图告发庄廷鑨反书作为功劳，好谋求复职（一说，是敲诈庄家不成怀恨在心）。吴之荣告到将军松魁处（一说，是陆圻、
查继佐、
范骧三人因为发现自己名字无端出现在这本书上而首告。至少陆圻确实报告给了
湖州市府学教授赵君宋），松魁转发给
巡抚朱昌祚，巡抚转发给督学胡尚衡。这些人接受了
庄允诚数千金的贿赂，拒不审理。庄允城将其中被告发的句子改掉后，继续刊刻发行。不料吴之荣见毫无动静，买到了初刊本，再度告发，事情越闹越大，最后惊动朝廷中的辅政大臣
鳌拜等人。
当时
康熙年幼尚未亲政，拜责令刑部满官罗多等人到湖州彻查，并严厉处置涉案的相关人士。吴之荣对南浔富人朱佑明怀恨在心，诬告序言中提到的“朱氏原稿”即朱佑明（实际是
朱国祯），将朱佑明和他的五个儿子牵涉进来。其余列名参校者、初审官员等，和他们的家人都被查抄，江南名士损失惨重。
康熙二年（1663）五月，明史案终于结案。此案先后牵连千余人，妻子被发配东北沈阳附近的
宁古塔者几百人。
凡作序者、校阅者及刻书、卖书、藏书者均被处死。被杀者共七十余人。其中
庄廷鑨之弟庄廷钺、
李令皙、茅元铭、
蒋麟征、张、韦元介、
潘柽章、
吴炎、吴之、吴之铭等十四人凌迟处死；归安，
乌程的两名学官处斩。
湖州市原任
知府陈永命于
康熙元年（1662）罢官，至山东
台儿庄区，自缢于旅馆。棺材被运回
杭州市，开棺尸。其弟江甯县知县陈永赖，也同时被斩。
归安学新任训导王兆祯、
推官李焕、湖州新任知府谭希闵（到任只半月）等人处绞。
作序者
李令皙及其子李焘等4人、被认为提供原稿的朱佑明及其子朱念绍、朱彦绍、朱克绍和侄子朱绎先后被斩杀，妻子
顺圣太后吞金自尽，李令皙的幼子十六岁，法司命他减供一岁，得免死充军。少年不肯，最后一并处斩；董二酉当时已死，尸体被从棺材中挖出，肢解成36块，子董与沂，也被诛杀。
湖州府学教授赵君
宋本是告发者之一，亦以“私藏逆书久不上缴”罪名被处斩。苏州浒墅关主事李继白因买书被杀。
列名参校的
范骧、
查继佐、
陆圻三人告发有功，无罪开释。（当世普遍认为是
吴六奇所救，但当事人在《查继佐年谱》里否认有此事，说：“葛如，方布衣野走，世传余有一饭之恩，怀之而思报。其实无是也。是则公在时已传其事，故公为之辨。”
乾隆时诗论家吴骞在《拜经楼诗话》中也认为此传闻事不可靠。）三人和告发者
吴之荣各得到
庄允诚、朱佑明两家一半财产，范陆二人拒而不受，只有査继佐照收无误——《费恭庵日记》记述：“余亲见船舶慈感寺前，领来朱庄厨桌家伙约十余舟载去，转祸为福，真回天手段也。”。
同列参校的查伊非但未伤毫发，反而因首告有功，“与之荣同列赏格，分庄珑籍产一半”。《五石脂》记载，
查继佐告密所得不再是庄家财产的一半，而是十分之一，加上“十余舟”的器物。“……同时以不列名而获免者，尚有四人……陆，查伊璜、范文白、陆丽京……伊璜名继佐，海宁
举人……咸负文望，列名参订中。庚子书成颁布，三人以不相闻，于
顺治十八年辛丑十二月，具呈学道胡尚衡，辨明其诬……之荣出首时，即谓庄成（即君维）、朱佑明、查伊璜等共造此书。至公庭质对，亦坚执伊璜等主笔。查以递过检明呈为词，吴复质其何不首督抚而独首学道。明系借此得赃名实两遂之计。查遂无词。囚禁者逾时，既乃密求于粤中总兵
吴六奇，事始得解。先是满官督抚上本，俱依之荣口供，谓查系同谋造送。及吴为查营解，至定案时，遂一反其词。谓查三人，虽不比之荣之发觉，亦系首事之人，依律颁赏。故之荣荫袭拜他哈哈番，并给朱庄财产十分之一。查、范、陆亦得颁给器用什物。据《费恭庵日记》，谓曾亲见查等在慈感寺前领取朱、庄家具，约十余舟云。”（转载节录自《汉军旗旗人金庸对祖先的洗白运动》）
顾炎武在山西汾阳闻知惨事，悲愤万状，作《书潘吴二子事》及《祭吴潘二节士诗》。