她1966年毕业于
上海戏剧学院附属戏曲学校。是当时班级里的高材生。在校期间她师承松雪芳老师习武旦。后又受到
杨畹农老师和
魏莲芳老师的指教。艺术上能文善武，富于创新，善于刻画人物。近年来创作演出了不少新剧目，如《八仙过海》、《青石山》、《活捉》等都受到了观众的热烈欢迎。特别是代表作《
盘丝洞》，文武兼备，用靠旗打出手，更是受到广大
京剧观众的称赞，
香港电台同行对她评价也很高。
1949 迁往上海。1959年，方小亚考入
上海戏剧学院附属戏曲学校京剧班，受教于松雪芳老师，学习京剧
武旦艺术，后又受到杨农老师和
魏莲芳老师的指教，在唱功方面又了长足的进步，打下了扎实的基础。1966年从戏校毕业进入《
智取威虎山》剧组，后随剧组并入
上海京剧院。1978年，参加
上海市青年演员汇报演出，获得“优秀演出奖”；1980年，参加
京剧电影艺术片《
白蛇传》的拍摄，饰演
小青，受到观众一致好评；1985年，在上海市第三届戏剧节中以《
八仙全传》一剧获得“主演奖”；1986年，在上海电视台主办的戏曲武功艺术比赛中被授予“优秀武功演员”称号；1988年，参加新编神话京剧《
盘丝洞》的创排，在剧中分别饰演
女儿国国王和蜘蛛精，以扎实的唱念和表演，繁重的武打和出手，成功塑造了女儿国国王和蜘蛛精的形象，并因为在此剧中的突出表现，获得首届上海白玉兰戏剧表演艺术“主角奖”和文化部首届“文华表演奖”。《盘丝洞》也获得首届“文华剧目”奖，成为
上海京剧院的保留、常演剧目，演出场次超过500场，受到上海市委宣传部的特别嘉奖；1991年，参加全国优秀中青年京剧演员电视大奖赛，演出《青石山》、《活捉》，获得“最佳表演奖”；1992年，参加
梅兰芳金奖大赛，获（
旦角组）“金奖”；2000年，参加现代
京剧《热血悲情》的创排，饰演贩毒集团总裁，演反面人物而不是演反面符号，有血有肉，人性化地塑造了该人物的内心复杂情感。方小亚在艺术上善
武能文，长于刻画人物。武功深厚，身段优美，出手稳健，勇于创新，在唱、念、做、打各方面都颇有建树。经常主演的传统剧目有《青石山》、《
特种兵之火凤凰》、《八仙过海》、《水漫金山》、《据大缸》、《
十八扯》等。曾随团出访西德、
英国、
荷兰、
比利时、
奥地利、
瑞士、
苏联、
香港特别行政区、
日本等地区和国家，以她精湛的演技，倾倒了外国观众。特别是1998年的赴日本演出，携《盘丝洞》在日本演出50多天，演出30余场，轰动日本。
上海京剧院三团创编大型古代戏《岳云》在劳动剧场首演。编剧：刘梦德，导演：
孔小石，主演：
陈蔚、方小亚（分饰童年和青年时期岳云）。
11月1日至15日，上海京剧院三团赴京汇报演出。在北京工人俱乐部公演了7场。主要剧目有《打金砖》、《汉武哭宫》、《
红桃山》、《
击鼓骂曹》、《
乾元山》、《
天女散花》、《雁荡山》、《
盘丝洞》。主要演员有
言兴朋、方小亚、
赵国华、
张达发、赵京茹等。
由
中国中央电视台及各省市自治区电视台主办、
中国戏剧家协会协办的第二届全国中青年
京剧演员电视大赛闭幕。共评出25名最佳表演奖（中年组10名、青年组15名）及26名优秀表演奖（中年组10名、青年组15名）。
在北京开始举行的梅兰芳金奖大赛旦角组评选结果揭晓。本次大赛实为第三届全国电视
京剧大赛，冠名梅兰芳金奖大赛，为期三年。不限年龄，分3组9个
行当进行。
上海天蟾京剧中心逸夫舞台开台祝贺演出于4月29日至5月5日举行。
上海市的
尚长荣、
李炳淑、
汪正华、
王正屏、
夏慧华、
艾世菊、
蔡正仁、方小亚、
王梦云、
奚中路、
史依弘、
李军，来自京津等地的
梅葆玖、
谭元寿、
马长礼、
李世济、孙敏、
杨春霞、
叶少兰、
刘长瑜、
张春华、
赵麟童、
王晶华、
李庆春、
梅葆玥、李长春、
董文华、
寇春华、
王立军和香港
票友金如新、钱江、
李尤婉云、
李和声、谢许萍苏等参加演出。
上海京剧院庆祝建院45周年系列演出举行，第六天在逸夫舞台由剧院主要演员
反串演出《
八蜡庙》，
何澍演费德功、
尚长荣演张荣兰、关怀演朱光祖、
史依弘演褚彪、方小亚演
黄天霸。演出盛况空前，剧场出现少有的轰动场面。
2000年8月20日，农历庚辰年七月一日：2000年上海京剧院赴
香港特别行政区演出
8月20日至8月29日，应香港上海戏曲协会的邀请，由上海京剧院总经理林宏鸣任团长的赴香港演出团一行百人在香港文化中心大剧院演出《
曹操与杨修》《盘丝洞》《
钟馗嫁妹》《青石山》等剧。共演出7场，效果热烈。主要演员有尚长荣、关怀、
孙正阳、
奚中路、方小亚、
夏慧华等。
2005年4月28日，农历乙酉年三月二十日，19时15分：庆祝
上海京剧院建院50年演出第一天
庆祝上海京剧院建院50年演出第一天，为新创剧目优秀唱段大型演唱会。特邀嘉宾：
李玉茹、
周少麟、
张学津。